Ректор Семинарии активно боролся с революционными настроениями и в среде семинаристов, которая в то время была также сильно заражена, причем не только революционным, но даже террористическим духом. Был составлен список лиц, которые должны были быть убиты, среди них было и имя архимандрита Феодора. На его жизнь неоднократно совершались покушения.
19 августа 1906 г. архимандрит Феодор (Поздеевский) становится ректором Московской Духовной Семинарии. 19 августа 1909 г. – ректором Московской Духовной Академии. 14 сентября 1909 г. в Храме Христа Спасителя он был хиротонисан во епископа Волоколамского, викария Московской епархии. При своем наречении епископ Феодор сказал: «Мудрость мира сего теперь особенно восстает на разум Божий, и это есть главный идол современности. Многие ли принимают теперь Христа и христианство так, как они есть и открылись в святом Евангелии, предании церковном и самой Церкви?.. Опознать подделки Христа и христианства, различать верно «духов» – от Бога ли они – и составляет главную задачу современности для пастыря». Эта борьба с «мудростью мира» и «подделками христианства» и была одним из главных дел владыки всю жизнь.
Епископ Феодор (Поздеевский). 1910-е гг.
Предыдущим ректором Академии был епископ Евдоким (Мещерский), будущий возглавитель обновленчества, при нем сложился преподавательский состав.
В Академии царил дух либерализма и революционности. Основное внимание уделялось общественной жизни и вопросам так называемого «церковного реформирования». Студенты больше изучали Маркса, Энгельса и Каутского, чем отцов Церкви. О положении дел в Академии можно судить по словам владыки Феодора, донесенным до нас Алексеем Федоровичем Лосевым: «<Отец Павел Флоренский> – это почти единственный верующий человек во всей Академии! <…> Настолько все (профессора. — Ред.) захвачены наукой, немецкой, тюбингенской, что начинают комментировать текст Священного Писания – и разносят его до основания. <…> Получается в конце концов, что весь Евангелист состоит из одних вставок <…> В 1905–1911 годы вообще наказание Божие. Когда я стал ректором Академии и познакомился с тем, как ведется преподавание,