Ликвидация филиала производится назначенной организацией ликвидационной комиссией, а в случаях прекращения деятельности филиала по решению суда или арбитражного суда – ликвидационной комиссией, назначаемой этими органами. С момента назначения ликвидационной комиссии к ней переходят полномочия по управлению делами филиала. Ликвидационная комиссия оценивает наличное имущество филиала, выявляет его дебиторов и кредиторов и рассчитывается с ними, принимает меры к оплате долгов филиала третьим лицам, а также составляет ликвидационный баланс и представляет его организации. Ликвидационная комиссия несет имущественную ответственность за ущерб, причиненный организации, а также третьим лицам в соответствии с законодательством Российской Федерации. При ликвидации филиала увольняемым работникам гарантируется соблюдение их прав и интересов в соответствии с законодательством. При высвобождении работников в связи с ликвидацией филиала им гарантируется соблюдение их законных прав и интересов, в том числе права на льготы и компенсации. Имущество ликвидированного филиала после расчетов по оплате труда его работников и выполнения обязательств перед бюджетом, кредитными учреждениями и кредиторами распределяется в соответствии с решением членов собрания акционеров главной организации. При ликвидации филиала имущество и финансы филиала, оставшиеся после расчетов главной организации с бюджетом и кредиторами, ей возвращаются.
В процессе своей деятельности филиал может закупать необходимые для производства материалы, сырье, топливо, пользуется работами и услугами других организаций – т. е. осуществлять расчеты с поставщиками и подрядчиками. После ликвидации филиала задолженность по оплате материально-производственных ценностей (работ, услуг) переходит к головной организации. Однако, до того как это произойдет, головной организации целесообразно по мере возможности рассчитаться с кредиторами за счет денежных средств, находящихся на расчетном счете, специальных счетах в банках и в кассе филиала. Порядок удовлетворения претензий кредиторов в случае ликвидации филиала определяется также в соответствии с законодательством Российской Федерации. Ликвидация филиала осуществляется ликвидационной комиссией, назначаемой членами собрания акционеров этой организации, либо (в установленных законом случаях) судом.
Филиалы как структурные подразделения организации могут иметь или не иметь отдельный баланс – от этого зависит порядок записей по счетам