Ночная тайга хранит в себе нечто недоступное человеческому уму. Она предстает как некая таинственная сила. «В глуби лесов угадывалось чье-то тайное дыхание, мягкие шаги. И в небе чудилось осмысленное, но тоже тайное движение облаков…» (Астафьев 1981: 57). Пантеизм восприятия природы героем-повествователем важен в контексте натурфилософской концепции произведения. Для восстановления гармонии во взаимоотношениях человека и природы необходимо, по В. Астафьеву, вернуть основополагающим понятиям их истинный смысл: «Мы внушаем себе, будто управляем природой и что пожелаем, то и сделаем с нею. Но обман этот удается до тех пор, пока не останешься с тайгой с глазу на глаз, пока не побудешь в ней и не поврачуешься ею, тогда только воньмешь ее могуществу, почувствуешь ее космическую пространственность и величие» (Астафьев 1981: 59). Человек, хотя и ранил тайгу, истоптал ее и ожег огнем, но «страху, смятенности своей не смог ей передать». На фоне «величественной, торжественной, невозмутимой» природы человек-покоритель в изображении В. Астафьева жалок и ничтожен.
Воплощением природной красоты, гармонии предстает в «Царь-рыбе» цветок – туруханская лилия, саранка. «Есть высокогорные, будто чистой, детской кровью налитые и в то же время ровно бы искусственные саранки, но это то самое искусство, которое редко встречается у человека, – он непременно переложит красок, полезет с потаенным смыслом в природу и нарушит ее естество своей фальшью» (Астафьев 1981: 265).
Повествование в рассказах делится на две части. Сквозным героем в первой части предстает герой-повествователь. Вторая часть почти полностью посвящена раскрытию образа Акима. В ней не только излагается история жизни героя с момента рождения, но и раскрываются обстоятельства, повлиявшие на формирование его личности. В главе «Сон о белых горах» характер Акима получает наиболее полное и завершенное раскрытие. Для целостного восприятия произведения плодотворна сама идея деления его на две части, которое отсутствовало в журнальном варианте «Царь-рыбы», подтверждающая единство и целостность художественной структуры. Миру чушанских браконьеров, изображенному в первой части (главы «Дамка», «У золотой карги», «Рыбак Грохотало»), во второй противостоит другой мир – Боганида (глава «Уха на Боганиде»), В поселке Чуш все браконьерствуют и живут по другим законам. В главе «Не хватает сердца» о нем говорится: «…В Чуш на лето собирались бродяги всех морей и океанов…» (Астафьев 2004: 93).
В «браконьерских» главах доминирует экологический аспект в раскрытии темы «человек и природа». Автор предельно достоверен в описании места действия, характеров браконьеров. Глава «Дамка» (третья после глав «Бойе» и «Капля») насыщена автобиографическими фактами с указанием некоторых