Предусмотренные Законом № 158-ФЗ лицензионные требования и условия (например, соблюдение эпидемиологических, противопожарных, гигиенических норм и правил (п. 1 ст. 9 Закона) своим пространным определением охватывали любое минимальное несоответствие, что привносило произвол в правоприменительную практику, развязывало руки чиновникам лицензирующих органов и впоследствии влекло отказ в выдаче лицензии. Существенным недостатком Закона № 158-ФЗ также явилось отсутствие разграничения компетенции федеральных органов государственной власти и органов государственной власти субъектов РФ по выдаче лицензий на конкретные виды деятельности. Закон ограничился исключительно перечислением их полномочий (ст. 6), тогда как специальные законы содержали такую формулировку, как «специально уполномоченные органы исполнительной власти». Поэтому до принятия Правительством РФ соответствующего постановления по этому вопросу сохранялось действие приложения 1 к постановлению Правительства РФ от 24 декабря 1994 г. № 1418 «О лицензировании отдельных видов деятельности». На практике данная ситуация осложняла деятельность функционирования предпринимателей ввиду того, что им затруднительно было определить, в какие именно лицензирующие органы государственной власти следует обращаться в связи с появлением новых видов деятельности, исчезновением старых и сменой компетенции или ликвидации соответствующих лицензирующих органов, курирующих конкретный вид деятельности. Более того, в Законе № 158-ФЗ отсутствовало разграничение компетенции между тремя уровнями исполнительной власти.
Вместе с тем реальным шагом к обеспечению единства экономического пространства на территории РФ, в рамках действия Закона № 158-ФЗ, явилось закрепленное в нем положение, согласно которому лицензиату, имеющему разрешение лицензирующих органов одного из субъектов Федерации, разрешалось осуществлять указанную в нем деятельность на любой территории РФ после уведомления об этом местных властей (ст. 7). Таким образом, законодательно установился уведомительный порядок распространения действий лицензий.