Однако развитие новых социально-экономических отношений в обществе потребовало дальнейшего совершенствования действующего законодательства. В связи с чем 10 февраля 1999 г. был принят новый Федеральный закон № 31-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в Федеральный закон «О прокуратуре Российской Федерации». Указанным Федеральным законом были расширены полномочия прокуроров за счет возложения на них надзора за исполнением Конституции РФ; был провозглашен основополагающий принцип прокурорской деятельности – принцип независимости прокуроров, согласно которому эффективный прокурорский надзор возможен лишь в условиях гарантированной законом независимости прокуроров. Новый Закон исключил положения, устанавливающие назначение прокуроров на определенный срок. Указанным Федеральным законом было закреплено новое направление прокурорской деятельности, обусловленное принятием законов об исполнительном производстве и о судебных приставах, – это надзор за исполнением законов судебными приставами. Этим же Федеральным законом был дополнен перечень мер прокурорского реагирования: законодательно закреплена мера профилактического воздействия – предостережение о недопустимости нарушения закона; расширен предмет надзора за точным и единообразным соблюдением законов в стране. Федеральным законом от 10 февраля 1999 г. было существенно ограничено вмешательство в экономическую деятельность, и центр внимания прокуроров переместился в сторону защиты прав и свобод человека и гражданина, закреплен приоритет личности человека, его прав и свобод, в отличие от приоритетной защиты интересов государства и общества, существовавшей в советский период развития нашего государства.
Впоследствии в Федеральный закон «О прокуратуре РФ» неоднократно вносились дополнения и изменения федеральными законами и постановлениями Конституционного Суда РФ, что обусловлено интенсивной работой по совершенствованию деятельности органов прокуратуры. В прокуратуре, первой из государственных институтов, были образованы структуры в федеральных округах, что сделало возможной резкую активизацию работы по формированию единого общероссийского правового пространства. Организационные перемены коснулись также деятельности прокуратуры по обеспечению законности в экономической и социальной сферах, на транспорте, досудебной и судебной стадиях уголовного судопроизводства, в гражданском и арбитражном процессе и других направлениях. Реализованы меры по усилению роли и ответственности среднего звена системы – прокуратур субъектов РФ. В этих целях в подчинение прокуроров субъектов переданы система транспортных прокуратур и надзор за исполнением