Проблемными нередко считают вопросы местного значения – предупреждение и ликвидацию чрезвычайных ситуаций, гражданскую оборону. Эти вопросы относятся к предметам ведения государства, для их решения создается единая система органов. В связи с этим, а также в виду исключительной значимости этих вопросов по ним осуществляется специальное правовое регулирование, при этом не могут устанавливаться муниципальные минимальные социальные стандарты, не может осуществляться самостоятельная деятельность органов местного самоуправления, как это предусматривается для вопросов местного значения. А затраты на исполнение полномочий по указанным вопросам составляют значительную часть местных бюджетов.
Немало нареканий со стороны муниципальных образований вызывает организация статистического учета и налогового администрирования. Вопреки логике органы местного самоуправления оказались лишены полномочий в сфере налогового администрирования, но зато вынуждены подменять или дублировать органы государственной статистики. Нормы о предоставлении статистических данных органам государственной власти используются не для получения данных муниципальной статистики, а для возложения на органы местного самоуправления без соответствующих субвенций государственных полномочий по ведению статистического учета и обработке статистических данных. В результате отвлекается значительная часть рабочего времени муниципальных служащих.
Дальнейшей регламентации в законодательстве требует реализация муниципалитетами отдельных вопросов местного значения в сферах, где имеются схожие полномочия органов государственной власти