Определялись в проекте права, обязанности и ответственность налогоплательщиков, налоговых органов и других участников налоговых отношений. Устанавливалась обязанность налоговых органов проводить информационную работу с налогоплательщиками.
Устанавливались четкие механизмы и процедуры исполнения налогового обязательства, осуществления налогового контроля, предусматривались меры по обеспечению исполнения налогового обязательства. Устанавливался порядок изменения срока исполнения налогового обязательства (отсрочки, рассрочки, налоговый кредит, инвестиционный налоговый кредит). Вводилась платность за предоставленные отсрочки или рассрочки уплаты налогов, за исключением изменения срока исполнения налогового обязательства по отдельным основаниям, в том числе связанным с недофинансированием из бюджета или неоплатой государственного заказа.
Предусматривалось, что возврат излишне взысканных с налогоплательщика средств или излишне уплаченных им самостоятельно при неисполнении налоговым органом установленного срока возврата будет осуществляться с процентами в размере ставки рефинансирования Банка России.
Важным является вопрос о возникновении и исполнении налогового обязательства, порядке уплаты налога (сбора). Соответствующим правилам и механизмам в проекте налогового кодекса было уделено большое внимание. Устанавливалось, в частности, что днем уплаты налога признается день выставления налогоплательщиком банку поручения о перечислении в бюджет причитающихся сумм налога при наличии на счете налогоплательщика средств, достаточных для исполнения указанного поручения. Отдельно оговаривались особенности уплаты налога в случаях отзыва налогоплательщиком своего поручения или возврата этого поручения банком, при отсутствии на счете налогоплательщика средств, достаточных для исполнения поручения, а также при уплате налога наличными денежными средствами либо при проведении зачета излишне уплаченного (излишне взысканного) налога в счет предстоящих платежей по этому же или другому налогу.
Предусматривалось положение о том, что если налогоплательщик заявил в налоговый орган о занижении уплаченной им суммы налога, внес необходимые изменения в налоговую декларацию и уплатил недостающую сумму налога и пени до момента, когда он узнал о выездной налоговой проверке, то подача первоначальной налоговой декларации не может рассматриваться как попытка уклониться