В этот период появляются первые методические пособия по вопросам судебно-бухгалтерской экспертизы. В частности, в 1935 г. Институтом уголовной политики была разработана и опубликована методика по организации и проведению судебно-бухгалтерской экспертизы. В 1937 г. изданы методические указания по расследованию дел о краже и растрате средств в разных отраслях народного хозяйства.
В связи с ликвидацией в 1936 г. ВОССУ руководство судебно-бухгалтерской экспертизой было возложено на созданное при Прокуратуре СССР Центральное бюро судебно-бухгалтерской экспертизы с филиалами на местах. Это положило начало существованию в СССР специализированного учреждения. Его основной деятельностью стало проведение судебно-бухгалтерских экспертиз, обобщение передового опыта, разработка методологии и методики экспертного исследования, подготовка кадров экспертов-бухгалтеров и повышение их квалификации. К сожалению, в 1937 г. это учреждение было передано в ведение Наркомата юстиции, а в 1938 г. ликвидировано. 11 октября 1938 г. следственным органам и судам было возвращено право самим находить «сведущих лиц» и привлекать их в качестве экспертов. И только в 1952 г. при Министерстве финансов СССР было создано Бюро государственной бухгалтерской экспертизы (ГБЭ) с филиалами при министерствах союзных и автономных республик, а также при краевых и областных финансовых управлениях, при финансовых управлениях Москвы и Ленинграда. На Бюро ГБЭ и его филиалы было возложено проведение бухгалтерской экспертизы по уголовным и гражданским делам по заданию органов расследования, прокуратуры и суда.
В 1957 г. Бюро ГБЭ при Министерстве финансов СССР было ликвидировано, а его филиалы при министерствах финансов союзных республик преобразованы в самостоятельные Бюро ГБЭ. Филиалы Бюро на местах были сохранены. Бюро ГБЭ при Министерстве финансов РСФСР по-прежнему разрабатывало вопросы теории и практики производства судебно-бухгалтерских экспертиз (издало, в частности, 12 методических пособий и писем). На него возлагалось проведение бухгалтерских экспертиз как по уголовным, так и по гражданским делам, рассматриваемым судами и арбитражем. В 1962 г. учреждения бухгалтерской экспертизы были переданы в систему министерств юстиции союзных республик. В ряде мест действовали бюро бухгалтерской экспертизы при научно-исследовательских институтах или при университетах. Бюро и их филиалы руководствовались нормами соответствующей союзной республики. Непосредственно их деятельность регламентировалась положениями об экспертном учреждении и инструкциями. Такая организация судебно-бухгалтерской экспертизы улучшила юридическое обоснование заключений экспертов-бухгалтеров.
В РСФСР был создан Центральный научно-исследовательский