До начала 1990-х годов храм и всю его территорию занимали промышленные предприятия. Вокруг церкви появились наскоро построенные складские помещения. Часть ограды и ворота были утеряны. Во дворе церкви остался только дом, принадлежавший священнику. В храме были сломаны металлические конструкции, поддерживающие перегородки, и до сих пор существует угроза обрушения здания. А ведь вплоть до начала 2000-х годов в храме работала химическая лаборатория с рентгеновским оборудованием.
В 1992 году на собрании прихожан был заново образован приход церкви Воскресения. Настоятелем стал протоиерей Александр Салтыков – профессор церковного искусства, ратующий за восстановление архитектурного шедевра в Кадашах. Прихожане отчистили двор храма от промышленного мусора и отходов, но церковь по-прежнему занимал ВХНРЦ. Реставраторы не собирались возвращать ее верующим, несмотря на указ президента РФ Б.Н. Ельцина от 1993 года, согласно которому все храмы передавались Русской православной церкви. Сначала реставраторы предоставили общине один из приделов церкви, и перед службой прихожанам выдавались одноразовые пропуска на «режимный объект». После службы сотрудники ВХНРЦ использовали помещение, в котором проходила Божественная литургия, для своих рабочих нужд, курили прямо на месте, где некоторое время назад стоял престол. В 1996 году отцом Александром был освящен один из сараев, который стал церковью Святого Иова Почаевского. Возобновились службы, и мало-помалу налаживалась духовная жизнь прихода, ютившегося в каретном сарае. А по соседству в огромном храме реставраторы на паперти жарили шашлыки на мангале.
Клир и община церкви не раз обращались во все инстанции, но практически безрезультатно. В течение восьми лет службы проходили в церкви Иова Почаевского, и только в 2004 году по распоряжению президента В.В. Путина храм был передан общине. Но этому предшествовали самостоятельные попытки прихожан вернуть церковь. 2 августа 2004 года верующие перекрыли путь работникам ВХНРЦ к храму, огородили его колючей проволокой и заперли ворота. Отец Александр совершил молебен об освобождении церкви Воскресения в Кадашах, были заново установлены иконы. Закон был на стороне прихожан, так как срок действия договора ВХНРЦ с Департаментом государственного и муниципального имущества города Москвы истек еще в 2001 году.
Открылась новая страница истории церкви Воскресения в Кадашах. Когда прихожане