Столь усложненная система, в которой существовала буддийская церковь в Российской империи, таила для нее как опасности, так и преимущества. Очень многое зависело и от личных отношений буддийских иерархов с губернскими и столичными чинами, академическими кругами, многие вопросы решались через ведомственные противоречия, путем лоббирования и взяток. В таком виде ситуация сохранялась вплоть до 1903 года, когда под давлением общественности Николай II принял Манифест о веротерпимости от 26 февраля 1903 года, а затем и Указ о началах веротерпимости от 17 апреля 1905 года, в которых государство декларировало готовность пересмотра Положения 1853 года. К концу империи даже в Министерстве внутренних дел это Положение оценивали как «не отличающееся однородностью, согласованностью основ, на которых оно построено» и предлагали разработать новый устав «на началах провозглашенной в России национальной и вероисповедной свободы»[226]. Еще одним важным сдвигом в отношениях империи с буддийскими подданными явился отказ государства от использования термина «идолопоклонники» в отношении последних. Либеральные законные акты дали крещеным бурятам право свободного выбора вероисповедания, что вызвало их массовый переход из православия в буддизм. Многолетние усилия консервативных кругов империи по христианизации бурят были сведены на нет.
Эти серьезные сдвиги в религиозной политике империи вызвали кратковременный расцвет буддизма в России, который, впрочем, был вскоре прерван, а буддийские институты второй трети XX века подверглись практически полному уничтожению пришедшими к власти большевиками.
В научной литературе существует мнение, что буддизм[227] внутри себя самого «никогда не осознавался как единое символическое пространство»