Для второй эпохи характерной чертой состава думы, кроме обращения звания боярина в чин и возведения в этот чин князей, служит определение того, какие из придворных должностей дают право на присутствие в думе; такой признана должность окольничего, обращенная также в чин. При Иоанне III только бояре и окольничие имели право центрального суда и управления («Судити суд бояром и околничим». Судебник 1497 г., ст. I), и только эти лица и были советниками великого князя. Впрочем, впоследствии мы находим в составе думы дворецкого, казначеев и иногда крайчего, но это не были чины, а только должности. – Введение в думу только некоторых из огромного числа прежних (земских) бояр и князей и точное определение дворовых должностей, дающих право на членство в думе, есть первое и существенное отличие Московской думы от древней.
С первой половины XVI в. великий князь начал вводить в думу людей худородных – простых дворян, которые и получили титул думных дворян, что опять превратилось в чин. Так как в источниках встречаются «дети боярские, которые в думе живут», еще в 1536 и 1542 гг., то следует думать, что подобное расширение состава думы было произведено великим князем Василием Иоанновичем (и притом простиралось на детей боярских). Эту меру усилил и определил Иоанн IV во время борьбы своей с родовитым боярством: с 1572 г. «думные дворяне» появляются в списках членов думы, как особый постоянный разряд думных людей.
Ко времени борьбы с боярским элементом относится появление в думе и думных дьяков. При усилении письменного делопроизводства естественно было ожидать и появления канцелярии при думе. Думным дьякам поручалось заведывание такими текущими делами, которые не могла вести постоянно дума in corpore, – именно делами посольскими, разрядными, поместными и бывшего Казанского царства; эти отрасли вверены дьякам, но как делегатам думы. Поэтому думных дьяков в XVI в. было обыкновенно четыре. Такое положение выводило их из разряда секретарей: они становились министрами, и каждый по своему ведомству имел право голоса в заседаниях думы, хотя членами думы они не считались. При Алексее Михайловиче число думных дьяков дошло до б, а при Феодоре