Начавшийся «фрайбургский» этап развития феноменологии связан как, с одной стороны, с ростом международной известности Гуссерля, так и, с другой стороны, со все более нарастающим пониманием Гуссерлем того, что он продолжает развивать свой новый вариант феноменологии в одиночестве. Первоначально Гуссерль полагал, что нашел мощного союзника в лице Мартина Хайдеггера (о карьерном продвижении которого он постоянно хлопочет), однако эта надежда не оправдалась: выход в свет работы Хайдеггера «Бытие и время» в восьмом томе «Ежегодника по философии и феноменологическому исследованию» (1928) показывает, что Хайдеггер двинулся своим собственным путем. Анализ же предшествующих лекционных курсов Хайдеггера позволяет говорить о том, что тот на протяжении длительного времени развивает свой философский подход через критику проекта трансцендентальной феноменологии Гуссерля. В 1930 г. один из американских гостей Гуссерля – Ральф Перри – так резюмировал содержание своего разговора с ним: «Долгий разговор с Гуссерлем. Он стремился основать научную философию на прочном фундаменте – рассмотреть заново все специальные науки, обращаясь к первоначальному и беспредпосылочному основанию их всех – и, возможно, достичь метафизики синтезом полученных истин. Ясно, что он расстроен тем, что его лучшие ученики (например, Хайдеггер) покинули его, избрав спекулятивные пути. Гуссерль неутомимый и одинокий труженик».
В 1928 году Гуссерль выходит на пенсию, но при этом активно начинает выступать с докладами – как в Германии, так и за рубежом. В 1933 г. после прихода к власти нацистов, его – как еврея – увольняют из университета, лишая ряда тех привилегий, которыми пользуются вышедшие на пенсию профессора. Однако в том же году он был восстановлен в правах. После смерти Гуссерля основная часть его архива почти сразу была вывезена в Лувен, где этот архив находится и в настоящее время.
Рукописное наследие Гуссерля огромно – около 30 000 страниц скорописи. Вплоть до настоящего времени это наследие выходит в рамках «Гуссерлианы» – собрания сочинений Гуссерля, первый том которого появился в 1950 г. «Гуссерлиана» является выдающимся по своих характеристикам изданием – другие классики философии XX века пока еще не имеют сходных собраний сочинений. На 2004 год вышло 38 томов Гуссерлианы, не считая томов серии «Документы».
В самой Германии феноменология – как в силу прихода к власти нацистов, так и в силу изменения «философской моды» – постепенно отходит на второй план. В послевоенное время она фактически заново импортируется из-за рубежа. Например, Бернхард Вальденфельс, один из наиболее известных современных немецких феноменологов, впервые взял в руки Гуссерля только во время своего послевоенного обучения во Франции.
Послевоенное развитие феноменологии осуществляется главным