Два года спустя в статье «Zur Apologie des Atomismus» он дает дополнительный вклад к истории материализма. Он стремится утвердить здесь, вопреки теологам, право атомизма и всего механического понимания природы. Однако в то же время он старается показать, что естественно-научные теории никогда не смогут вторгнуться в пределы научной теологии. Он приближается, таким образом, к точке зрения «спекулятивных текстов». Он прямо и указывает также на них. Конечно, у него весьма мало общего с руководителями этого движения Вейссе, Йог. Гот. Фихте. Однако он весьма близко соприкасается с наиболее значительным и наиболее своеобразным среди них, с Германом Лотце. Но и по отношению к нему он также является самостоятельным. И при том не только в отдельных вопросах. У Лотце господствующая мысль – это апологетическая цель: примирить потребности сердца с результатами науки. Зигварт, напротив, преследует критико-познавательную точку зрения. Он прежде всего стремится определить логический характер, значимость и ценность связанных с механическим пониманием природы теорий; так приходит он к своему отрицательному приговору о материалистической метафизике. Та же самая критико-познавательная тенденция приводит его к тому, чтобы оградить сферу права теологии от неправомерных вторжений. И в консервативном или, его угодно, скептическом стремлении оберегать при случае также и право старого по отношению к слишком радикальным и слишком уверенно выступающим гипотезам он становится на сторону той позиции, какую занимает «теология примирения». Для него самого, однако, все осталось при шлейермахеровской εποχή. От Лотце уже тогда отделяло его то, что было в его мышлении кантовского.
Зигварт намеревался по защите диссертации занять кафедру философии в Тюбингене. Но внезапный упадок сил нарушил его планы. В 1859 году он отправился в Blaubeuren в качестве преподавателя. Однако уже спустя немного лет, осенью 1863 г., он был приглашен в Тюбинген занять освободившуюся благодаря уходу Фихте кафедру. Осенью 1865 г. он стал ординарным профессором.
Литературные работы этих и последующих лет движутся сплошь в исторической области. Еще в Blaubeuren Зигварт выступил против несправедливого суждения Либиха о Бэконе. Либих возражал, и спор длился еще некоторое время. Великий химик был в этом случае прав: традиционное понимание, усматривавшее в Бэконе не только пролагающего пути методолога и натурфилософа, но вместе с тем и экспериментирующего естествоиспытателя в нынешнем смысле, – это понимание было несостоятельно. Но критику