Но смена власти в Грузии не привела к смене её внутренней политики.
Уже в июне 1992 года восстала вся Южная Осетия, а в августе началась война в Абхазии.Существуют веские свидетельства, что добро на подготовку абхазского военного похода дал из Москвы сам Шеварднадзе, с которым консультировался Госсовет.
Шеварднадзе занял пост председателя Госсовета Грузии в марте 1992 года, а уже в апреле, после того как из Цхинвали ушли все ещё остававшиеся там подразделения МВД России, грузинские военные резко усилили обстрелы города и стали сжимать вокруг него кольцо блокады. Именно в те майские недели исход осетин из Южной Осетии (преимущественно из Цхинвали) принял массовый характер. К 20.05.1992 года относится эпизод с расстрелом грузинскими боевиками 36 мирных жителей – осетинских стариков, женщин и детей – пассажиров автобуса, следовавшего в сторону Северной Осетии.
Своими жестокими карательными походами против Южной Осетии особенно "прославился" Джаба Иоселиани.
В общей сложности, по данным осетинской стороны, в ходе боевых столкновений в Южной Осетии в 1989-1992 годах погибло свыше трех тысяч мирных жителей-осетин, около 300 человек пропали без вести, свыше 40 тысяч человек стали беженцами, было сожжено 111 осетинских сел.
29 мая 1992 года Верховный Совет Республики Южная Осетия принял Акт о государственной независимости.
Армия долго не вмешивалась в разгоравшуюся между Юго-Осетией и Грузией войну. Немалую роль в отстранении Армии от участия в политической жизни страны, в её развале и потере боеспособности, сыграл первый президент Российской федерации – Борис Ельцин. На его совести разгон квалифицированного офицерского корпуса и доведение оставшихся до полуголодного нищенского существования. Он так и не простил Армии того страха, который испытал в период ГКЧП, в то время, когда по столице бессмысленно маневрировала боевая техника нескольких дивизий.
В июле 1992, в результате трехсторонних дагомысских соглашений была завершена война в Южной Осетии. Однако вспыхнувшую в августе 1992 войну с абхазами Шеварднадзе остановить не смог (или не захотел).
Грузинская Национальная гвардия и отряды "Мхедриони" потерпели поражение в обеих провозгласивших независимость бывших грузинских автономиях.
Сторонники Гамсахурдиа сразу после его отстранения начали партизанскую борьбу. В течение 1992-1993 года они несколько раз нападали на руководителей государства и на стратегические экономические объекты. Осенью 1993 Гамсахурдиа попытался вернуться к власти, положив начало ещё одной короткой, но крайне ожесточенной гражданской войне. Шеварднадзе был вынужден призвать на помощь российские войска. После окончательного поражения в гражданской войне Гамсахурдиа скрывался в лесах Западной Грузии и, по одной из версий, застрелился 31 декабря 1993 года, по другой – был убит в январе 1994 года в селе Джихашкари, близ Зугдиди, в доме своего