назначен командиром 162-го стрелкового полка 54-й стрелковой дивизии в г. Мурманск, с августа 1939 г. в том же округе вступил в должность начальника штаба 142-й стрелковой дивизии. Участвовал с ней в Советско-финляндской войне 1939-1940 гг. После окончания боевых действий в апреле 1940 г. вступил в командованием этой же 142-й стрелковой дивизией. С началом Великой Отечественной войны с 22 июня 1941 г. дивизия в составе 23-й армии Северного, затем Ленинградского фронтов занимала оборону на Карельском перешейке на фронте Ристалахти, Варис (протяженностью до 60 км). В августе она попала в окружение и с боями отходила на полуостров Пиен-пельто и остров Тоуна. К 20 августа дивизия была эвакуирована через Ладожское озеро, а генерал-майор С. П. Микульский в сентябре назначен начальником штаба 23-й армии. С января 1942 г. исполнял должность зам. командующего 54-й армией, одновременно командовал войсками Волховской оперативной группы. Участвовал с ней в боях на волховском направлении. В ноябре 1942 г. назначен начальником штаба 2-й ударной армии, с декабря 1942 г. исполнял должность зам. командующего 8-й армией Волховского фронта. В последней должности принимал участие в операции по прорыву блокады Ленинграда (операция «Искра»). С марта 1943 г. состоял в распоряжении Военного совета Волховского фронта, затем с 19 июня 1943 г. вступил в командование 6-м стрелковым корпусом 59-й армии. Участвовал с ним в Новгородско-Лужской наступательной операции, в освобождении г. Новгород. В апреле генерал-майор С. П. Микульский был назначен командиром 123-го стрелкового корпуса Ленинградского фронта, а в конце мая переведен на должность командира 99-го стрелкового корпуса 3-го Прибалтийского фронта. Соединения и части корпуса под его командованием в составе 7-й и 14-й армий Карельского фронта участвовали в Выборгско-Петрозаводской и Петсамо-Киркенесской наступательных операциях, в освобождении г. Киркенес (Норвегия) и пос. Петсамо (пгт Печенга, Мурманская обл.). За отличия в Выборгско-Петрозаводской операции Указом ПВС СССР от 2.7.1944 корпус был награжден орденом Красного Знамени, а приказом НКО СССР от 29.12.1944 переименован в 40-й гвардейский. В дальнейшем корпус в составе 19-й армии 2-го Белорусского фронта принимал участие в Восточно-Померанской наступательной операции. 22 марта 1945 г. генерал-лейтенант С. П. Микульский был отстранен от командования и зачислен в распоряжение Военного совета фронта, затем с 29 марта исполнял должность коменданта г. Данциг. После войны с 9 июля 1945 г. командовал 54-м стрелковым Кёнигсбергским корпусом в СГВ (с февраля 1946 г. – в составе Таврического ВО). В мае 1946 г. переведен старшим преподавателем в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова, а в июне 1948 г. ему было присвоено право окончившего эту академию. 07.03.1955 уволен в запас. Похоронен на Преображенском кладбище г. Москвы. Воинские звания: майор (13.12.1935 приказ НКО №2601); полковник (04.11.1939); генерал-майор (11.09.1941); генерал-лейтенант (02.11.1944). Награды СССР: орден Ленина; 4 ордена Красного Знамени; орден Кутузова 1-й степени; орден Богдана Хмельницкого 1-й степени; орден Суворова 2-й степени; медали, а также иностранный орден и медали.
