Обороты речи Ивана свидетельствуют, что в его понимании высшая власть была равнозначна праву собственности на завоеванное княжество, то есть являла собой dominium – право свободно распоряжаться людскими и материальными ресурсами подвластной земли.
У Новгорода не оставалось иного выбора, как уступить. Что такое безоговорочная капитуляция перед правителем Москвы, выяснилось достаточно скоро. В числе первых мер, принятых Иваном в покоренном Новгороде, были запрет вече и отправка в Москву самого вечевого колокола. Так же двумя столетиями раньше в срединной России поступали монголы, и знаменовали эти действия конец самоуправления, создававшиеся веками демократические институты исчезли в одно мгновение.
В Новгороде главной задачей Ивана III было упразднить все вотчинные владения, составлявшие основу богатства и власти городской знати и опору демократического устройства городской жизни. Пока в руках бояр сохранялась основная часть производственных ресурсов города-государства, привести их к повиновению было невозможно. Сознавая, как глубоко укоренились в республике демократические обычаи, Иван произвел массовые конфискации земельных владений и во избежание поворота событий вспять выслал их обездоленных собственников в Московию.
Первыми жертвами стали вожди пролитовской группы, которых он в 1475 году приказал казнить. Вероятно, они были наиболее демократичными элементами, поскольку порядки в соседней Литве, объединившейся к этому времени с Польшей, были гораздо либеральнее, чем в Москве. Очередные конфискации, сопровождаемые высылками, проводились в небольших масштабах в 1475–1476 годах; среди потерявших свои земли оказались, прежде всего, монастыри. Затем процесс экспроприации развернулся всерьез. Зимой 1483–84 года, а затем снова в 1487–1489 годах несколько тысяч новгородских землевладельцев вместе с семьями были определены на вывод, то есть подвергнуты депортации. В числе бояр и купцов, пострадавших от этого мероприятия, были как сторонники, так и противники Москвы, и это наводит на мысль, что с московской точки зрения значение имели не политические