Во Франции, как и в Нидерландах, организация общин реформатов и создание надрегиональных структур шли по пути принятия теологии и церковных принципов Кальвина. Таким образом, с 1540-х гг. четкая реформаторская теология женевского образца вытеснила слабые евангелические лютеровские начинания. Французский протестантизм получил однозначно кальвинистскую форму239, благодаря разработанному Кальвином вероисповеданию, которое, как Confessio Gallicana, было принято национальным синодом в 1559 г. и подтверждено национальным синодом, проходившим в 1571 г. в Ла Рошели. Уже с 40-х гг. XVI в. учение Кальвина заняло господствующее положение по отношению к существовавшим ранее лютеровским течениям240. Кальвину принадлежит и проект церковного уложения Discipline Ecclesiastique des Eglises Reformees de France, который был принят первым национальным синодом в 1559 г. Позже он превратился в текст, состоящий из 14 глав241. Церковное уложение вводило должности проповедников, старейшин и дьяконов, которые отвечали за церковные службы и церковное хозяйство, руководство церковью, а также за заботу о бедных. Старейшины и дьяконы избирались из отцов семейств общины, новые члены в дальнейшем кооптировались. Проповедники, напротив, назначались синодом, но не могли быть навязаны общине242. В отличие от пасторской системы Женевы, своеобразным французским нововведением стало появление пресвитерски-синодального церковного порядка243. Проповедники, старейшины и дьяконы совместно образовывали пресвитерство, которое во французском церковном уложении обозначалось как Consistoire244 (консистория). В качестве высших органов функционировали регулярно собиравшиеся окружные и провинциальные синоды, на которые каждая община посылала своих делегатов, а также, при необходимости, национальные синоды245. Такие синоды решали дела, значение которых выходило за рамки одной общины, и обеспечивали единство реформированной церкви Франции. Теоретически общины и синоды сами занимались собственным управлением и обходились без участия светской администрации в решении своих проблем. Это отличало французскую реформированную церковь от институций Кальвина в Женеве, где церковь, руководимая пасторами, могла опереться на магистрат городской республики246.
Почему учение Кальвина было настолько привлекательно для реформационного движения во Франции, что смогло перевесить и видоизменить прежние начинания? Во-первых, Фарель и Кальвин были французами, т.е. их труды можно было прочитать в оригинале (если только они не были напечатаны на латыни). Кроме того, их создатели имели сеть личных знакомств во Франции, которые использовались и после их бегства в Женеву. Реформаторски настроенные священнослужители, вовлеченные в создание общин, вели постоянную переписку с Фарелем, Кальвином, а позже также с Теодором де Без (в латинском варианте – Теодором Беза). Они спрашивали совета и использовали опыт перестройки женевской церкви, в то время как