Существующий массив разнообразных исторических источников как официального, так и личного происхождения позволил нам достигнуть поставленных научных задач. Сочетание новейших методов гуманитарных, социальных и естественных наук способствовало успешному изучению научной проблемы. В ходе исследования были использованы как общенаучные и специальные исторические методы познания, так и междисциплинарный методологический инструментарий. В качестве основного методологического подхода избраны идеи социоестественной истории о взаимосвязи, взаимозависимости и взаимовлиянии процессов, явлений и событий в жизни общества и природы, недопустимости преувеличения роли антропогенного фактора в покорении природы и необходимости большего внимания историков и обществоведов к изучению влияния природных сил на человеческое общество в прошлом. Этот базовый метод органично дополнил синергетический подход, ориентированный на изучение явления самоорганизации в социоприродных системах и явлениях. Междисциплинарный подход обогатил наш инструментарий познавательными приемами и принципами социологии, исторической демографии и др.
Методы исторической науки помогли выявить массив эмпирических фактов и нарративных источников, отразивших содержание и специфику осмысления современниками позднего аграрного общества его социоприродных проблем. В частности, собственно исторический метод помог определить происхождение и становление данного явления, выявить причинно-следственные взаимосвязи и закономерности в его возникновении и существовании.
Существенную помощь при изучении данной проблемы оказали метод системного анализа, который позволил всесторонне изучить проблему в совокупности и целостности ее компонентов; метод комплексного анализа, направленный на рассмотрение социоестественных явлений в совокупности с иными политическими, социально-экономическими и социокультурными явлениями и процессами; сравнительный метод, позволивший провести сопоставление экологических процессов в позднеимперском и раннесоветском периодах, особенностей восприятия их различными представителями власти и общества; структурный метод, который содействовал выделению элементов социоприродных процессов и их государственно-общественного восприятия; функциональный метод, который был использован для выделения структурных частей изучаемого явления, определения их назначения, функции, роли и связей между ними и иными общественными отношениями; метод моделирования, позволивший построить модель государственно-общественного осмысления социоприродных процессов в позднем аграрном обществе, взаимодействия