Став президентом, он во многом поменял свое мнение. Во второй инаугурационной речи он говорил, характеризуя индейцев: «Но наши усилия, направленные на то, чтобы … побудить их взяться за разум… изменить свои занятия в связи с изменением обстоятельств, сталкиваются с мощным противодействием; этому мешают их физические привычки, предрассудки, невежество, гордыня, влияние предубежденных и хитрых вождей»208. Белые поселенцы, частично уничтожив, заставили коренное население переселиться с территории «неосвоенного западного резервного района», оттесняя их все дальше на Запад. Правительство США продолжало смотреть сквозь пальцы на нарушения договоров с индейскими племенами.
В 1804 г. Джефферсон был переизбран на второй срок, на этот раз с триумфом. Из 176 выборщиков за него проголосовали 162. Его оппонент Ч. К. Пинкни получил только 14 голосов209. Его внушительная победа во многом объяснялась удачной покупкой Луизианы. И все же приобретение новой огромной территории принесло с собой серьезные проблемы для сторонника «узкого толкования» конституции Т. Джефферсона, поскольку основной закон вовсе не упоминал о праве федерального правительства приобретать новые территории. Ему пришлось в очередной раз пожертвовать своими принципами и прибегнуть к доктрине «широкого толкования» заклятых врагов-федералистов и счесть, что такие полномочия «подразумеваются». В своем втором инаугурационном обращении он отметил: «Я знаю, что многие не одобряли приобретение Луизианы, искренне считая, что расширение территории поставит под угрозу наш Союз. Но кто очертит те пределы, в которых федеративный принцип может эффективно работать? Чем обширнее наше объединение, тем меньше его будут потрясать местные страсти»210. Он не преминул осудить федералистскую прессу за ее яростные нападки на его правительство: «Чтобы причинить нашей администрации беспокойство, пресса обрушила на нее огонь разнообразных обвинений, какие могла только выдумать и позволить себе свойственная ей беспардонность. Такие выходки со стороны столь важного для дела свободы и просвещения института вызывают глубочайшее сожаление… Несомненно, их можно было бы проучить при помощи благотворных мер наказания, предусмотренных и предписанных законами ряда штатов за публикацию ложных и порочащих сведений, но время государственных служащих посвящено более насущным общественным заботам, и по этой причине наказанием для злопыхателей стало исключительно общественное негодование»