Неизвестно, как эта горячая мольба узника была принята королем, думая, что бумага не дошла до него, преподобный из темницы пишет второе прошение, в котором обращается к королю с трогательным воззванием: «Смилуйся, наияснейший король польский, господин мой благосклонный, над гонимою Восточною Церковью, которая находится в твоем королевстве». Это прошение, оправленное в зеленый атлас, во время проезда короля по Варшаве было брошено кем-то в его карету и прочитано Владиславом IV, но распоряжения по нему не было сделано. Еще одна бумага, назначавшаяся корою, не была им принята, «Не нужно, не нужно больше ничего, – сказал он, – я уже приказал выпустить его».
Действительно, 19 октября 1645 года по приказу Владислава было написано Киевскому митрополиту, чтобы он прислал взять к себе Афанасия, который «заслужил наказание, но его королевская милость оставляет без внимания»; вместе с тем от митрополита требовалось послать беспокойного для польской власти игумена в такое место, где бы он не мог уже «чинить никаких тревог». Тем временем с преподобного сняли оковы и ослабили надзор, так что он мог свободно получать письма от близких ему людей. Одно из присланных в тюрьму писем, утешая узника, называет его исповедником, преподобный сравнивается здесь со святым апостолом Павлом, и говорится далее, что «среди запустения он процвел как благоуханный цвет, сияющий не только российскому народу, но всему соборному вселенскому благочестию». Хотя святой Афанасий мог легко бежать из тюрьмы, но он не соблазнялся свободой и требовал суда над собой или, по крайней мере, приема у короля. Он рассылал письма и прошения к лицам, влиятельным при дворе, чтобы они испросили ему у короля прием, и король было согласился выслушать игумена, но католическое духовенство отговорило Владислава, и 3 ноября 1645 года преподобный был отправлен с двумя драгунами в Киев. Явившись к митрополиту Петру Могиле, святой Афанасий представил ему подробный отчет о своих деяниях в Варшаве с приложением в копиях документов, которые им были даны королю. Вероятно, преподобный надеялся, что митрополит и на этот раз оправдает его, как оправдал раньше, и отошлет опять на игуменство в Брест, но королевское повеление возымело свою силу: подвижник был оставлен в Печерском монастыре как бы под началом. Заключение преподобного в Киеве сильно волновало многочисленных его почитателей и один из них, по имени Михаил, писал по этому поводу наместнику и братии Брестского монастыря в следующих выражениях: «Извещает ваше благочестие меня, что пречестный отец Афанасий разрешен от узилища иноверных и послан в Киев на заключение к единоверным. Это дивно для меня, ибо и Христос, Господь наш, пострадал не от неверных, но от верных своих предан был в руки человек грешных. Пророчествует господин отец Афанасий, что уния погибнет. Я бы веровал этому, если бы видел наши заслуги, но я не вижу их и не