Епископ Тихон возвратился в Нью-Йорк 24 января 1904 года. Его пребывание в России оказалось успешным для возглавляемой им епархии. Новый викарий должен был прибыть через несколько недель. За этот период произошло и другое доброе событие. Святейший Синод сообщил епископу Тихону об удовлетворения его просьбы о возведении архимандрита Рафаила в сан епископа Бруклинского, второго викария. Хиротония состоялась в сирийском храме святителя Николая в Бруклине 12 марта. Храм был полон верующими до отказа. Архимандрит Рафаил прочитал Символ веры частично на славянском и частично на арабском языках.
Епископ Тихон был возведен в сан архиепископа 19 мая 1905 года. В документе, написанном архиепископом Тихоном в декабре 1905 года, отражены его пророческие представления о Православной Церкви в Америке. В ответ на анкету, разосланную всем епархиальным архиереям Русской Церкви Святейшим Синодом в ходе подготовки к давно ожидаемому Собору Русской Церкви, архиепископ Тихон высказал свои идеи о структуре православной Миссии в Северной Америке. Он предложил превратить епархию в экзархат Русской Церкви, но с широкой автономией. Уже тогда он высказывался о возможности рассмотрения вопроса об автокефалии. Сербскую Миссию он предложил сделать викариатством с центром в Чикаго. Греческие общины, писал он, должны быть организованы так же, как Сирийская и Сербская Миссии. Он усматривал необходимость автономии и независимости только в вопросах, влияющих на внутреннюю жизнь или структуру каждой национальной епархии или викариатства, и подчеркивал также необходимость согласованных общих решений, выработанных епископами на заседаниях под председательством архиепископа в вопросах, касающихся всех.
Как епископу миссионерской епархии, распростершейся по всему континенту, епархии с многонациональной паствой, владыке Тихону приходилось думать о создании таких учреждений, которые помогли бы Церкви в Америке стать самостоятельной. Существовала очевидная необходимость в школе. Условия, в которых совершались пастырские труды в Северной Америке, весьма отличались от условий в России. Большинство служивших в миссии священников прибыли из-за границы, где они и получили свое образование. Такая зависимость от помощи извне была для епархии нежелательной. В 1905–1906 учебном году Миссионерская школа в Миннеаполисе, Миннесота, была преобразована в семинарию. В 1913 году она была переведена в Тенальфи, Нью-Джерси. В семинарии было воспитано два поколения священников для Церкви в Америке.
Становящаяся все более самостоятельной Церковь нуждалась также и в монастыре. «Вестник» время от времени уделял внимание этому вопросу. Лидером дискуссии был иеромонах Арсений (Чаузов), которому в июне 1905 года архиепископ Тихон дал благословение на создание монастыря близ Саут-Канаана в Пенсильвании. К моменту перевода архиепископа Тихона в Ярославль Свято-Тихоновский монастырь был уже освящен