Возвращаясь в свою келлию, преподобный остановился против церкви во имя преподобного Димитрия Прилуцкого и сказал: «Сей великий чудотворец у Бога милости просил граду нашему, ныне же прогневали своего заступника: осквернили место вокруг его церкви, построили лавки и открыли торговлю. Знайте же, что храм этот будет разорен первым, вы сами увидите, что произойдет вскоре».
Пророчество святого сильно опечалило и смутило жителей Вологды. Веря прозорливости преподобного, всякий боялся грядущих бедствий. Многие приходили к его келлии и каждый спрашивал, что с ним будет. Святой предсказывал одним смерть от вражеских мечей, другим же – спасение. Действительно, вскоре, 22 сентября 1612 года, Божиим попущением на Вологду напали поляки и литовцы. Пророчество преподобного Галактиона сбылось точно: неприятели сначала сожгли храм во имя преподобного Димитрия Прилуцкого, потом предали пламени Троицкую церковь. Людей – одних убили, других взяли в плен, многие разбежались в разные стороны, преподобный в то время находился в своей келлии. Сначала враги не замечали его бедной и малой хижины, но потом обратили на нее внимание. Дочь преподобного Галактиона, не зная, куда спастись от разъяренных врагов, вбежала в келлию подвижника-отца. Узнав, что в келлии старца скрывается женщина, они ворвались в нее, как дикие звери. Испуганная девица спаслась от них бегством. Тогда враги с бешенством набросились на преподобного, вытащили его вон из келлии, волокли за вериги, нещадно били, поносили бранными словами, кололи его мечами. Все страдания подвижник переносил с благодарением и без всякого ропота. Тогда озверевшие враги бросили ему на голову бревно с крыши одного здания и оставили страдальца едва живым. Видя приближение своей кончины, святой молил Господа простить ему все согрешения и избавить от воздушных мытарств и миродержителя тьмы века сего.
Измученный врагами, преподобный Галактион прожил всего два дня и на третий, 24 сентября 1612 года, с молитвою преставился ко Господу. В этот день и празднуется местно память святого. Благочестивые люди погребли тело преподобного в его же келлии. А Бог прославил своего угодника чудесами, и уединенная келлия преподобного Галактиона стала усердно посещаться. Часто вспоминали жители Вологды его святую жизнь и пророчества. И вот, сошедшись раз в большое собрание, они обратились к архиепископу с просьбой о построении храма на месте келлии преподобного. Они говорили: «Истинно Господь послал нам своего заступника и молитвенника; он постоянно вещал нам правду и великую любовь показал к нам. Он повелел нам воздвигнуть храм во имя нашей Заступницы, честного и славного Ее Знамения. Мы же не исполнили его завещания, оскорбили его!» Так тужили граждане вологодские: архиепископ Варлаам (1627–1645) повелел написать житие угодника, воздвигнуть храм в честь Знамения Божией Матери на месте келлии его и собрать братию. Так исполнилось пророчество