Но, оставив земную жизнь, преподобный Евфимий не оставил без покровительства свою обитель. Об этом свидетельствовали совершавшиеся у его гробницы чудеса, а сто с небольшим лет спустя после его смерти обитель была утешена обретением его нетленных мощей. Это случилось при архимандрите Кирилле. Кирилл был муж рассудительный в иноческих и мирских делах и впоследствии занимал Ростовскую архиепископскую кафедру. С великою ревностью заботился он о поддержании благоустройства монастырского. И пришла ему благая мысль: перестроить старый каменный храм во имя Преображения Господня, основанный еще святым Евфимием. Посоветовался архимандрит с братией, и нашли они, что прежний храм и ветх, и тесен. Решили, с помощью Божией, воздвигнуть церковь больших размеров. Приступили к работам и, когда копали ров с правой стороны, нашли гроб, обложенный тремя камнями и покрытый сверху досками. Рабочие сообщили об этом настоятелю. Архимандрит Кирилл повелел ударить в било, и собрались братия, радуясь великой радостью. Настоятель же поспешил к епископу Нифонту и рассказал о случившемся. Епископ прославил премудрость и милость Божию и, прибыв в монастырь с собором духовенства и иноков, поклонился гробу блаженного. Воздав хвалу Богу, прославляющему преподобных Своих, открыли гроб и увидели лицо святого Евфимия. Оно было светло; тело нисколько не изменилось, а одежды были как будто вчера надеты. Облобызав мощи, снова покрыли гроб досками и, совершив отпевание, поставили в храме Преображения у стены, на том месте, где они почивают и теперь, устроив над гробом каменную раку. Это было 4 июля 1507 года. Новый каменный храм отстроен и освящен в 1511 году, при державе великого князя Василия Иоанновича. Обретение мощей преподобного Евфимия положило начало его церковному прославлению.
Господь прославил Своего угодника преподобного Евфимия даром чудес.
В конце XV столетия архимандритом Суздальской Евфимиевой обители был также Евфимий, по прозвищу Подрез. Постриженник чужой обители (Иосифо-Волоколамской), этот архимандрит отличался дурным характером и нравом: «жил не по Боге», говорил жизнеописатель преподобного, нарушил монастырский устав, как наемник, не радел о подчиненной братии; монастырь представлял тогда печальное зрелище: архимандрит всех братий бил, бранил, хулил, превозносил одного себя. Христолюбцы, наблюдая