Господь благословлял пустынно-подвижнические труды преподобного, и благодать Божия видимо почивала на нем самом. По его словам, однажды в тонком сне ему явилась Божия Матерь.
«И видел я во сне, — повествует преподобный Мартирий, — Богородицу в девичьем образе, благолепную видом. Такой девицы благообразной я не встречал среди людей: умилена лицем, красива видом, длинные зеницы и черные брови, нос средний, опущенный. На голове Ее был венец золотой, разными цветами. Невозможно понять умом, нивысказать языком, как сиял он подобно солнцу. И вот Она в келлии моей, на лавке, в большом углу, где стоят иконы. Я же будто бы вышел из чулана (где спал), стал перед Нею и смотрел на Нее, не сводя очей своих с Ее красоты. И Она, Царица и Богородица, смотрела на меня. Я глядел, не отрываясь, на Ее святой лик, на очи, исполненные слез, готовых капнуть на пречистое лицо Ее. И тотчас была невидима. Встал я ото сна и был в ужасе. Выходя из чулана, зажег свечу от лампады, чтобы посмотреть, не сидит ли Пречистая Дева на месте, где я видел Ее во сне. Вошел на средину келии и не увидал на том месте. Подошел я к образу Одигитрии, стоящему в келии моей, и убедился, что воистину явилась мне Богородица в том образе, как изображена Она на иконе моей».
Вскоре после этого преподобный Мартирий, не имея возможности противиться настояниям многих учеников своих и опасаясь оставить их без пастыря духовного, должен был идти в Новгород, дабы принять от архиепископа сан священства и игуменства. Достоверно неизвестно, который из архиепископов Новгородских, Александр или Леонид, управлявшие епархией в 70-х годах XVI века, удостоили священства и игуменства преподобного Мартирия. Но по писцовым книгам Обонежской пятины видно, что преподобный Мартирий в 1582 году был уже игуменом и имел 12 человек братии в Зеленецкой обители.
После Сыркова Господь не замедлил даровать Зеленецкой пустыни нового, еще более богатого благотворителя. Преподобному надлежало быть в Москве; на пути старец остановился в Твери, где по царскому повелению проживал тогда бывший Касимовский царь Симеон Бекбулатович, любимый сын которого в то время находился при смерти от болезни, так как все врачебные средства оставались бесполезными. Когда печальному отцу возвестили о прибытии преподобного, которому уже сопутствовала слава о чудном житии его и о благодатных дарах Святого Духа, на нем напечатленных, последовал призыв старца к царю, новообращенному христианину.