На следующий день профессор был найден мертвым в своей лаборатории. Накануне своей смерти он попросил родных разбудить его не ранее 12 часов дня, так как он планировал всю ночь работать. Никакого шума, тем более взрыва, в ту роковую ночь в лаборатории домашние не слышали. Ровно в 12 пошли будить. Дверь в лабораторию оказалась запертой. Постучали и, не услышав ответа, взломали дверь. Филиппов лежал без сюртука на полу, ничком, в лужице крови. Окно, выходившее на улицу Жуковского, было раскрыто. На лабораторном столе – аппараты, химическая посуда, реактивы. На письменном столе лежала короткая записка.
«Опыты над передачею взрыва на расстояние, – бегло записал в ней Михаил Михайлович. – Опыт 12-й. Для этого опыта необходимо добыть безводную синильную кислоту. Требуется поэтому величайшая осторожность, как при опыте со взрывом окиси углерода. Опыт 13-й, взрыв окиси углерода вместе с кислородом. Надо купить элементы Лекланше и Румкорфову спираль. Опыт повторить здесь в большом помещении по отъезде семьи…»
Медицинские эксперты не смогли однозначно назвать причину смерти. Высказывались самые разные версии: разрыв сердца, кровоизлияние в мозг, отравление ядовитыми веществами во время опытов, наконец, самоубийство. Но твердого ответа никто так и не дал. А после Февраля 1917 года разгадать загадку смерти Филипова стало невозможно. Все материалы уголовного дела сгорели во время пожара.
В 1913 году в связи с юбилеем смерти профессора несколько российских газет провели собственные расследования. Выяснились многие интересные детали. Так, московская газета «Русское слово» писала, что Филиппов еще в 1900 году выезжал в Ригу, где производил в присутствии некоторых специалистов опыты взрывания на расстоянии. Возвратившись в Петербург, «он рассказывал, что остался чрезвычайно доволен результатами опытов». Эта же газета пыталась разыскать препараты и аппараты Филиппова, изъятые Петербургским охранным отделением при обыске. Увы, все бесследно исчезло.
Особенно много было разговоров о судьбе научной рукописи Филиппова, содержавшей, по утверждению одной из газет, «математические выкладки и результаты опытов взрывания на расстоянии». Как сообщила репортерам вдова ученого, на другой день после его гибели эту рукопись забрал известный тогда публицист и профессор Александр Юльевич Финн-Енотаевский, сотрудник «Научного обозрения». Он обещал снять с рукописи копию, а оригинал вернуть через несколько дней. Этого не произошло. Более того, ученый не мог внятно сообщить о судьбе рукописи. Судьба Финн-Енотаевского загадочна. Его арестовали в 1931 году как члена контрреволюционной