С 1861 г. Пограничная стража стала комплектоваться новобранцами по призыву. Для подготовки нижних чинов в бригадах были созданы учебные команды. 13 июля 1882 г. было утверждено «Положение об организации и употреблении Пограничной стражи на случай войны», в соответствии с которым Пограничная стража в военное время входила в состав действующей армии, оставаясь в мирное время в ведении Министерства финансов.
Очень позитивный шаг в развитии «таможенного дела» в России сделал российский император Александр III, когда привлёк к разработкам идей по увеличению доходности «таможенного дела» лучшие умы Российской империи.
Так, граф Сергей Юльевич Ви́ тте (1849–1915), в 1889 году опубликовал работу «Национальная экономия и Фридрих Лист», в которой обосновывал необходимость создания мощной национальной промышленности, защищённой на первых порах от иностранной конкуренции таможенным барьером.
Поэтому в 1891 году, по его же инициативе, был принят новый таможенный тариф России, разработанный при активном участии великого учёного с энциклопедическими знаниями Дмитрия Ивановича Менделеева (1834–1907). Тариф сыграл важную роль во внешнеторговой политике России и стал защитным барьером для развивавшейся промышленности.
Для реализации этой очень важной экономической идеи продолжалась дальнейшая реорганизация таможенной службы страны.
В тот период опять остро стал вопрос улучшения борьбы с контрабандой. В связи с чем, 15 октября 1893 г., по указу императора Александра III, таможенное ведомство было в очередной раз реорганизовано.
Из него был выделен для самостоятельной службы «Отдельный корпусом пограничной стражи», сокращённо ОКПС.
Отдельный корпус пограничной стражи по-прежнему оставался в гражданском Министерстве финансов, но его работой стали управлять компетентные военные люди на основе четкой военной организации.
Создавались предпосылки для более эффективных действий ОКПС по решению задач борьбы с контрабандой.
Но и методы контрабанды быстро совершенствовались, расцветал махровым цветом новый вид контрабанды – контрабанда политическая.
В начале XIX века, среди внешних факторов, угрожавших суверенитету России, политический фактор был в зачаточном состоянии.
Политическая угроза России на её государственной границе начала заявлять о себе постепенно с того момента, когда в 1848 г. в «Манифесте Коммунистической партии!» прозвучали политическим набатом слова Карла Маркса: «Призрак бродит по Европе – призрак коммунизма!». Все силы старой Европы быстро объединились для священной травли этого призрака.
Российская империя то же среагировала на этот сигнал и, для начала, поручила Таможне выполнение жандармских политических сыскных функций на государственной границе, в том числе