Вернувшись в Карачи, Джинна затем переехал в Бомбей и уже в 20-летнем возрасте открыл адвокатскую практику, став единственным адвокатом-мусульманином в городе. В 1900 году П. Х. Дастур временно оставил пост магистрата Бомбейского президентства, и Джинна временно занял его место, а после шестимесячного испытательного срока получил предложение остаться в этой должности на постоянной основе с зарплатой 1.500 рупий в месяц.
Джинна вежливо отклонил предложение, сказав, что планирует зарабатывать по 1.500 рупий в день. Джинна приобрёл большую известность как адвокат в 1907 году, благодаря т. н. «Делу о фракции»: предполагалось, что во время муниципальных выборов в Бомбее голоса индийцев были сфальсифицированы фракцией европейцев, чтобы не допустить вхождения в совет Фирузшаха Мехты.
Джинна заслужил уважение в профессиональных кругах, взявшись защищать Фирузшаха, который сам был видным юристом; хотя он и не выиграл дело, но стал известен своими познаниями в законодательстве и умением рассуждать логически
Несмотря на то, что Джинна изначально был против раздельных выборов для мусульман и индуистов, в 1909 году он воспользовался этой возможностью для того, чтобы занять свою первую выборную должность как представителя бомбейской мусульманской общины в Имперском законодательном совете.
Он оказался компромиссным кандидатом, когда два более старых и известных мусульманских лидера, претендовавших на этот пост, не смогли одолеть друг друга. Совет из 60 членов, образованный в результате реформ Минто, рекомендовал вице-королю законодательные акты; голосовать в нём могли только занимавшие официальные посты, поэтому Джинна оказался членом совета без права голоса.
Джинна использовал свой богатый юридический опыт для представления в 1911 году Акта об обосновании вакхов, который дал законную основу с точки зрения британского права для мусульманских религиозных фондов. Через два года этот акт прошёл через Совет и был введён в действие вице-королём – первый акт, разработанный членами Совета без права голоса. Джинна также был назначен в состав комитета, который помог создать Индийскую военную академию в Дехрадуне
В декабре 1912 года Джинна участвовал в ежегодном собрании Мусульманской лиги, хотя и не был её членом. Он вступил в Лигу в следующем году, оставаясь при этом членом Индийского национального конгресса и подчёркивая, что членство в Лиге идёт лишь на втором месте после «великого национального дела» освобождения Индии. В апреле 1913 года он вместе с индуистом Гокхале отправился в Великобританию, чтобы встретиться с официальными лицами в качестве представителей Конгресса.
В 1914 году Джинна возглавил другую направленную в Лондон делегацию представителей Конгресса, однако в связи с началом Первой мировой