Благодаря Бога за спасение, Патриарх Никон решил поставить на острове Крест и устроить монастырь. Однако свое намерение он смог выполнить только через насколько лет. В 1656 году Никон поставил на острове поклонный Крест, о котором так упоминается в монастырских описаниях: на юго-восточной стороне монастыря, на пристани подле моря, – часовня с Крестом. На Кресте – изображение Распятого, писанное самим Никоном в 1643 году, когда Никон был игуменом в Кожеезерском монастыре.
Из Палестины привезены были по просьбе Патриарха Никона два Креста «из древа кипарисного, в высоту и в ширину во всем подобны мерою Кресту Христову»: один предназначался для Голгофского придела храма Воскресения Христова в Ново-Иерусалимском монастыре, другой – для Крестного монастыря. Последний сам Святейший Патриарх «обложил сребром и златом и драгоценным камением, и бисером украсил». И положил в нем святые мощи трехсот святых.
В описании Креста говорится: «В средине того Честнаго Креста утвержден Ковчег сребряной кованой золоченой, в котором часть Святыя и Животворящия Крове Господни, часть Святыя Ризы Господни, часть млека Пресвятыя Богородицы, часть крове Иоанна Предтечи, часть крове апостола Павла и часть самого Древа Креста Господня».
Крест был установлен в благословение всем поселившимся на острове, «заступая и спасая каждого, притекающего к нему по требованию его и умному намерению». По свидетельствам современников силой того Креста многие спасались «от морскаго потопления». Также в описании святыни говорилось: тому, кто с верой обратиться к этому Животворящему Кресту, да получит от Бога благодать такую же, как путешествующие в Палестину.
Кийский Крест пребывал на Кий-острове до закрытия монастыря в 1923 году. Только в 1854 году он вывозился из монастыря ввиду нашествия англичан, при этом были утеряны некоторые мощи. До англичан по сторонам Креста находились писанные на холсте образа с предстоящими Божией Материю и Иоанном Богословом. Образ Божией Матери по отшествии англичан найден был поврежденным холодным оружием и перенесен в церковь, а икону Иоанна Богослова англичане увезли с собой.
В 1923–1930 годы Крест находился в антирелигиозном музее в Соловецком лагере, о чем сохранилась заметка в газете «Карело-Мурманский край» (1927. № 7. С. 9). В заметке указывается, что Крест был украшен листовым позолоченным окладом, позднее утраченным. Затем Крест был перевезен в Москву и хранился в запасниках Исторического музея.
В августе 1991 года Крест был передан в храм преподобного Сергия Радонежского в Крапивниках. Божественным смотрением вторичное освящение главного придела было совершено 30 августа 1991 года, в день памяти Святейшего Патриарха