После падения царевны Софьи боярин Борис Шереметев присоединился к сторонникам молодого царя Петра Алексеевича. Во время азовских походов в 1695 и 1696 годах он командовал армией, действовавшей на Днепре против крымских татар, и одержал здесь свои первые громкие победы.
В июне 1697 года ближний боярин Шереметев отправился в путешествие в Польшу, Австрию, Италию и на остров Мальту, частично по собственной инициативе, частично имея негласные дипломатические поручения от правительства. Он уехал спустя три месяца после отъезда из Москвы Великого посольства во главе с царем, который надеялся найти в Евро пе союзников для борьбы с турками. В указе, полученном Шереметевым, цель его поездки была сформулирована обтекаемо: «…Ради видения окрестных стран и государств и в них мореходных противу неприятелей креста святого военных поведений, которые обретаются во Италии даже до Рима и до Мальтийского острова, где пребывают славные в воинстве кавалеры». Между строк и здесь читается задача поиска союзников, тем более что Борис Петрович уже обладал некоторым дипломатическим опытом и был знаком с правилами и обычаями Запада.
Его сопровождала группа молодых дворян, в том числе его младшие братья Василий Петрович и Владимир Петрович.
Во время этого путешествия православного русского боярина принял глава католической церкви папа римский, он встречался с австрийским императором Леопольдом, который «говорил с боярином много тайно», с европейскими политиками и аристократами. Борис Петрович имел дружелюбный и общительный характер, знал иностранные языки и умел вести себя в соответствии с правилами, принятыми при европейских дворах.
На острове Мальта его первого из русских посвятили в рыцари древнего военно-монашеского ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Это нарушало принятые в Ордене правила – Шереметев был женат и крещен по православному обряду. Грамота о принятии его в ряды мальтийских рыцарей, написанная на пергаменте по латыни и богато декорированная, хранилась в домовом архиве в Фонтанном доме, а ныне находится в Российском государственном историческом архиве.