В егерские полки набирались отборные солдаты – стрелки и разведчики, способные к рейдам в тыл противника, многоверстовым переходам, стремительным штыковым атакам. Поэтому боевая подготовка занимала у егерей важное место. 13 марта 1799 года «за отличную подготовку полка» Барклай был произведен в генерал-майоры, однако новой должности не получил, по-прежнему оставаясь командиром полка еще восемь лет.
С этим полком в 1805 году Барклай выступил в поход против Наполеона, однако в пути было получено известие о поражении русской армии под Аустерлицем. В 1806 году генералу Барклаю, командовавшему одним из отрядов русской армии, на берегах Вислы впервые пришлось схватиться с наполеоновскими маршалами, своими будущими главными противниками.
В декабре 1806 года в сражении под Пултуском Михаил Богданович, командуя пятью полками, надежно прикрыл правый фланг армии Бенигсена. Его противником оказался и маршал Ланн – один из лучших полководцев Наполеона. Барклай дважды бросал в штыковые атаки своих солдат и помешал французам разгромить главные силы русской армии, потерпевшей поражение. За храбрость, проявленную в бою под Пултуском, он был награжден орденом св. Георгия 3-й степени. В боях с французами в Восточной Пруссии 25 января 1807 года отряд Барклая выдержал удары французской армии, которой командовал сам Наполеон, и дал возможность главным силам русских собраться у Прейсиш-Эйлау.
26 января Барклай был тяжело ранен и увезен для лечения в Мемель. В Мемеле героя последней войны посетил император Александр I. Визит царя сыграл значительную роль в судьбе генерала: именно тогда между ними состоялась длительная беседа, в которой Михаил Богданович высказал Александру ряд идей, по-видимому показавшихся тому интересными. По свидетельству историка Георга Нибура, близко знавшего Барклая, у русского генерала еще в Мемеле сложился план отступления и завлечения французской армии в глубь России, чтобы, удалив французов от их баз и отнимая у них продовольствие и фураж, нанести Наполеону поражение.
Барклай еще лечился в Мемеле, когда в Тильзите Александр I и Наполеон подписали мир, сильно изменивший внешнюю политику России – из антифранцузской она стала антианглийской. Велись войны с Австрией, Швецией. Кроме того, не прекращались войны с Турцией и Персией. Численность русской армии достигала 600 тысяч воинов, но буквально каждый человек был на счету.
Едва оправившись от раны, генерал Барклай отправился в Финляндию, где возглавил 6-ю пехотную дивизию. Когда территория Финляндии была очищена от шведских войск, дивизия Барклая в марте 1809 года получила приказ двинуться по льду Ботнического залива и овладеть городом Умео. По ледяным торосам, через полыньи и сугробы дивизия прошла за двое