Русские паломники издавна пользовались особыми привилегиями в Святой земле, находившейся под управлением турецкой администрации. Со всех посетителей Храма Вознесения турки брали плату, но богомольцы из России от нее освобождались. Русские цари присылали греческому духовенству, состоявшему при Гробе Господнем, не только золото и «мягкую рухлядь» (меха), но также великолепные иконы, драгоценные предметы церковного искусства и богослужебные книги. А в 1841 году возникла идея учредить в Иерусалиме Русскую духовную миссию. Тогда в Святейшем синоде Российской империи решили утвердить постоянное пребывание на Святой земле русского архимандрита и нескольких монахов. Официальное открытие миссии состоялось в 1847 году. Тогда Палестина являлась частью Османской империи, и, когда вспыхнула Русско-турецкая война, всему составу русской духовной миссии пришлось вернуться на родину.
После заключения в 1858 году мира с Турцией в Иерусалим был направлен новый состав миссии, и в том же году здесь было учреждено Русское императорское генеральное консульство. Русская духовная миссия выполняла в Иерусалиме и дипломатические функции, подчиняясь одновременно Святейшему синоду и Министерству иностранных дел России.
В 1859 году был образован Палестинский комитет, который впоследствии стал называться Российским императорским палестинским обществом. Эта организация заботилась о быте русских паломников, занималась просветительской деятельностью, вела научно-археологические изыскания, издавала свои журналы. На пожертвования царского дома Романовых и простых паломников Палестинское общество приобретало в Святой земле участки земли, на которых строились православные храмы и возникали русские поселения.
В 1889 году Палестину посетил великий князь Сергей Александрович. Увлекавшийся древностями, он за свой счет производил на приобретенных Россией землях раскопки: по некоторым сведениям, именно великий князь Сергей Александрович обнаружил и доказал, где находится Голгофа – место распятия Спасителя.
На основании Ветхого Завета нельзя было устраивать кладбища в черте города. Служитель претора, сопровождавший осужденного на казнь, доходил с ним до ворот городской стены, вешал на шею приговоренному приговор, который уже не подлежал обжалованию. Место пересечения выхода из города и стены получило название Судных врат: эти врата и стена были разрушены римским императором Титом в 70 году и никогда потом не восстанавливались. Их следы удалось обнаружить только в 1859 году, когда царское правительство купило часть земли