Захватив плацдарм на западном берегу реки, части корпуса, преодолевая упорное сопротивление врага, расширили его, обеспечив успешное форсирование реки другими соединениям армии. За умелое руководство боевыми действиями корпуса при форсировании р. Днепр и проявленные при этом смелость и отвагу С. П. Меркулову было присвоено звание Героя Советского Союза. В январе 1944 г. из-за болезни от должности командира корпуса был отстранен и зачислен в распоряжение Военного совета 1-го Украинского фронта. 25.1.1944 назначен врид командира 180-й стрелковой дивизии. Участвовал с ней в Корсунь-Шевченковской и Уманско-Ботошанской наступательных операциях (с 22 февраля 1944 г. – в составе войск 2-го Украинского фронта). С июня 1944 г. генерал-майор С. П. Меркулов командовал 50-м стрелковым корпусом в той же 40-й, затем в 53-й армиях 2-го Украинского фронта. Успешно руководил им в ходе Карпатско-Ужгородской, Дебреценской, Будапештской наступательных операций и при освобождении городов Сегед и Сиксо. С апреля 1945 г. находился на учебе в Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова. После войны продолжал учебу в академии. После окончания с марта 1946 г. командовал 119-й, а с июля – 71-й гвардейскими стрелковыми дивизиями в ПрибВО. В марте 1947 г. переведен в Приморский ВО командиром 40-й стрелковой дивизии 25-й армии (Северная Корея). С мая 1950 г. командовал 5-м гвардейским стрелковым корпусом 39-й армии. С октября 1952 по октябрь 1953 г. находился на ВАК при Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова, затем был назначен командиром 22-го стрелкового корпуса ЗакВО. С сентября 1955 г. генерал-лейтенант С. П. Меркулов исполнял должность 1-го зам. командующего 7-й гвардейской армией. 20.4.1960 уволен в запас. Похоронен в городе Липецк на Евдокиевском кладбище. Депутат Верховного Совета Азербайджанской ССР (1955). Воинские звания: майор; подполковник; полковник; генерал-майор (27.01.1943); генерал-лейтенант (08.08.1955). Награды СССР: 2 ордена Ленина (23.10.1943; 17.05.1951), 4 ордена Красного Знамени (15.01.1940; 04.02.1943; 06.11.1945; 30.12.1956); 2 ордена Суворова 1-й степени (31.03.1943; 17.05.1944); орден Кутузова 1-й степени (28.04.1945); орден Красной Звезды (03.11.1944); медали.
