Пытаясь объяснить отсутствие переходных форм в геологической летописи, сторонники эволюционной теории высказали гипотезу «прерывистого равновесия» (пунктуализма), согласно которой эволюция осуществляется в неравномерном темпе с продолжительными периодами стабильности, перемежающимися быстрыми качественными скачками, происходящими в небольших популяциях организмов. В силу этого некоторые новые виды возникают очень быстро, а промежуточные звенья практически не встречаются в геологической летописи из-за своей малочисленности. Эти «скачки» в эволюционной последовательности породили термин «скачкообразная эволюция».
Последователи эволюционной теории считают, что неполноту палеонтологических данных можно объяснить тем, что мертвые организмы быстро разлагались или поедались животными, питающимися падалью. Но тут же возникает естественный вопрос: почему это происходило с переходными формами и не затрагивало существующие виды?
Чарльз Дарвин и Луи Долло сформулировали «закон необратимости эволюции», согласно которому виды не могут вернуться в состояние своих предков. В то же время при исследовании окаменевших останков лягушек вида Gastrotheca guentheri было установлено, что они потеряли нижние зубы 230 млн лет тому назад, но около 20 млн лет тому назад зубы вновь появились. Таким образом, это не вписывается в предложенную концепцию.
С эволюционной теорией также не согласуются случаи утраты полезных генов. Такое явление было обнаружено у крылатых видов палочников, произошедших от бескрылых, имевших, в свою очередь, предков с крыльями. Этот случай потери сложного признака и его последующего восстановления в эволюционном развитии может свидетельствовать о том, что в этом случае генетическая информация регулируется не условиями обитания и отбором, а целенаправленными и продуманными изменениями.
Среди окаменелостей были открыты гигантские формы почти всех типов существ, живущих в наше время. Млекопитающие часто в два раза превышали размеры своих современных представителей: черепах, медведей, верблюдов, пантер, свиней, носорогов, слонов, тигров, волков, птиц и насекомых. Сам факт существования таких гигантских окаменелостей противоречит