Весной 1865 года учреждена Туркестанская область, и Черняев назначен был ее военным губернатором. С отрядом в 1800 человек и 12 орудий он выступил под Ташкент и 9 мая разбил под его стенами кокандские силы. Жители Ташкента отдались под власть бухарского эмира, выславшего туда свои войска. Решив упредить бухарцев, Черняев поспешил штурмом и на рассвете 15 июня овладел Ташкентом стремительной атакой. В Ташкенте, имевшем до 30 000 защитников, взято 16 знамен и 63 орудия. Наш урон – 123 человека. Занятие Ташкента окончательно упрочило положение России в Средней Азии.
Подчинение Бухары
Успехи Черняева и распространение русского могущества на Коканд сильно встревожило Бухару. Это ханство было до сих пор ограждено от русских кокандскими землями, ставшими сейчас русскими областями. Эмир претендовал на Ташкент, ссылаясь на волю его жителей, но домогательства его были отвергнуты. Положив овладеть Ташкентом силой, эмир весной 1866 года собрал у русских пределов до 43 000 войск. Генерал Черняев, в свою очередь, решил не дожидаться удара, а бить самому – и в мае двинул на Бухару отряд генерала Романовского в 3000 бойцов при 20 орудиях.
Кампания 1866 года генерала Романовского была сокрушительной. 8 мая он разбил бухарские войска при Ирджаре, 24-го овладел Ходжентом, 20 июля приступом взял Ура-Тюбе, а 18 октября внезапным и жестоким штурмом покорил Джизак. В трех этих беспощадных штурмах русские войска, лишившись 500 человек, положили на месте 12 000 азиатов. Под Ирджаром перебито 1000 бухарцев и взято 6 орудий. При штурме Ходжента перебито 3500. Наш урон – 137 человек. При Ура-Тюбе перебито 2000, взято 4 знамени, 32 орудия, наши потери – 227 человек. Наконец, в самом кровавом деле, при Джизаке, из 11 000 бухарцев легло 6000, из 2000 русских убыло только 98. Взято 11 знамен и 43 орудия.
Потеряв Джизак, бухарцы бежали к своей столице – Самарканду и поспешили вступить в переговоры о мире. В безрезультатных переговорах прошел весь 1867 год. Бухарцы их намеренно затягивали, стремясь выиграть время и набрать новую армию; Россия же провела капитальную административную реформу. В этом, 1867 году Туркестанская область была преобразована в Туркестанское генерал-губернаторство, составившее в административном отношении две области – Семиреченскую (город Верный) с военным губернатором генералом Колпаковским и Сыр-Дарьинскую (город Ташкент) с генералом Романовским. Образован Туркестанский военный округ, и войска на его территории – 7-й Оренбургский и 3-й Сибирский линейные батальоны – развернуты в 1-ю стрелковую дивизию