В этой должности участвовал в походе Красной армии в Зап. Белоруссию и в Советско-финляндской войне 1939-1940 гг. За боевые отличия он был награжден орденом Красного Знамени (1940). С августа 1940 г. исполнял должность зам. командира 50-й стрелковой дивизии ЗапОВО. В начале Великой Отечественной войны дивизия в составе войск 13-й армии Западного фронта в июле 1941 г. вела боевые действия у г. Молодечно в Белоруссии. Под ударами превосходящих сил противника она с боем отходила к р. Березина, где в районе переправ 5 и 6 июля подверглась сильным ударам авиации и танков. Части дивизии оказались в глубоком тылу противника, с боями пробивались на восток. 2 августа 1941 г. полковник А. А. Борейко был назначен командиром 50-й стрелковой дивизии, находившейся в это время после выхода из окружения на доукомплектовании под Вязьмой. Затем она была включена в 19-ю армию и участвовала в Смоленском сражении. В ходе Вяземской оборонительной операции в начале октября она попала в окружение и пробивалась на наро-фоминском направлении. По выходе в расположение своих войск с 20 ноября 1941 по 23 июня 1942 г. генерал-майор А. А. Борейко находился на лечении в госпиталях, а после выздоровления направлен в распоряжение Военного совета Западного фронта. 10 июля 1942 г. был допущен к командованию 324-й стрелковой дивизией, находившейся в обороне по р. Жиздра на рубеже пос. Ленинский – устье р. Рессета. С 28 августа переведен командиром 11-й гвардейской стрелковой Краснознаменной дивизии. Ее части удерживали рубеж Воробьеве – Тростянка – Ожигово. 3 ноября генерал-майор А. А. Борейко был допущен к исполнению должности командира 9-го гвардейского стрелкового корпуса. В июле 1943 г. корпус в составе 61-й армии участвовал в Орловской наступательной операции. Генерал-майор А. А. Борейко умело организовал прорыв обороны противника и отражение контрудара, успешно командовал частями корпуса при форсировании рек Десна и Снов, овладении г. Чернигов. В ходе битвы за Днепр он 27-28 сентября умело управлял корпусом при форсировании реки в районе пгт Любеч, нас. пунктов Мысы и Неданчичи (Репкинский район Черниговской обл.), при захвате и удержании плацдарма на правом берегу р. Днепр. Несмотря на неоднократные атаки превосходящих сил противника, удержал захваченный рубеж, лично проявил мужество и стойкость, за что ему было присвоено звание Героя Советского Союза. С 8 февраля по 20 марта 1944 г. находился на излечении в санатории, затем в апреле был откомандирован на учебу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова. По окончании ее ускоренного курса А. А. Борейко в марте 1945 г. направляется в распоряжение Военного совета 3-го Белорусского фронта. С 7 апреля 1945 г. он принял командование 16-м гвардейским стрелковым корпусом, который в составе 11-й гвардейской армии участвовал на заключительном этапе в Восточно-Прусской наступательной операции.
После войны продолжал командовать этим корпусом. С января 1946 г. исполнял должность зам. командующего войсками Особого военного