Убийство Коновальца прославило Судоплатова в кругах посвященных и дало толчок его карьере. Он оправдал доверие и во время Второй мировой – руководил диверсиями и ликвидацией важных фигур за линией фронта. После войны его таланты оставались так же востребованы. В сентябре 1946 года он проник в купе поезда, что шел из Саратова в Москву. Жертвой Судоплатова стал Александр Шумский, нарком образования УССР в 20-е годы. Обвиненный в буржуазном национализме, он провел много лет в тюрьме и ссылке, а теперь пожелал вернуться на Украину. Соучастником убийства был полковник Григорий Майрановский, начальник токсикологической лаборатории МГБ. «Ночью участники группы, возглавлявшейся Судоплатовым, вошли в купе, зажали Шумскому рот, после чего Майрановский ввел ему яд», – утверждается в материалах уголовного дела, возбужденного после смерти Сталина. Вскрытие не обнаружило следов кураре, который использовал убийца, и причиной смерти назвали кровоизлияние в мозг.
Год спустя от рук Судоплатова и Майрановского погиб Теодор Ромжа, епископ Мукачевской епархии (отдельной от Львовской митрополии грекокатолической церкви). Он возглавлял грекокатоликов Закарпатья, еще недавно принадлежавшего Чехословакии. По словам Судоплатова, МГБ стало известно, что Ватикан просит Великобританию и США о помощи униатам и тесно связанным с ними «бандитским формированиям». Ромжа оставался последним грекокатолическим епископом в СССР – наверху его посчитали угрозой. В феврале 1947 года украинский министр госбезопасности Сергей Савченко представил план убийства. В конце октября в бричку Ромжи врезался грузовик, но пассажир всего лишь попал в больницу с тяжелой травмой. Судоплатов и его «Доктор Смерть» закончили дело с помощью завербованной медсестры – она вколола епископу тот же кураре.
Воспоминания самого киллера и советские архивы указывают на то, что эти преступления совершались по прямому указанию Сталина. Никто другой не имел права обрекать на смерть будущих жертв секретной группы Судоплатова. Но вот предложения устранить кого-то подавали и другие члены советского руководства. Судоплатов пишет, что на расправе с Шумским и Ромжей настаивал Хрущев – первый секретарь даже инструктировал Майрановского, когда тот готовился выехать из Киева в Ужгород. Судоплатов упоминает телефонный разговор генерала Савченко, министра госбезопасности УССР, с Хрущевым, когда последний дал добро на убийство