После смерти Антония в 1073 году и Феодосия в 1074 году при игумене Стефане неспокойно было в душах Печерской братии, да и князья начали распри за престол Киевский. «И многие дни проводил Феодосий в мыслях, помраченный врагом из-за своей бедности, и открыто высказывал скорбь свою перед друзьями», а особенно перед Василием, который «среди черноризцев Печерского монастыря был одним из наиболее добродетельных по жизни». И успокаивал Василий Федора, и «с этого времени между Феодором и Василием еще более усилилась любовь друг к другу».
В 1077 год. Июля 15 дня, Изяслав Ярославич в 3-й раз (1054-1068, 1069-1073, 1077-1078) пришел на престол в Киев.
И первым же делом, по примеру императора Генриха IV (борьба за инвеституру) и наставлениям послов папских, чтоб повысить свое влияние он начал перестановку в церковном мире. В 1078 году принужден был удалиться из Печерского монастыря игумен Стефан. А на место изгнанного Стефана братия единодушно избрала себе игуменом старейшего из всех по летам великого Никона – «первого археолога Киева», который старался продолжить все начинания Феодосия и описывается как строгий, но отходчивый начальник братии. Этот период отмечается продолжением распрей среди монахов, которые начались ещё при Феодосии и Стефане. В летописи говорится о побоях, которые Никон учинял некоторым монахам, особенно же доставалось Исакию, который жил то в Варяжской пещере по соседству с Федором, то в домике, стоящем рядом с пещерой.
В 1088 году игуменом стал Иоанн и однажды он послал «преподобного Василия из монастыря на некоторое послушание, исполнение которого заняло у него три месяца». Не с кем стало беседовать Федору и стал он вспоминать рассказы Антония и по подобию преподобного исследовать пещеру Варяжскую. И через некоторое время нашел он «злата и серебра множество и сосуды многоценные».
О больших размерах клада свидетельствует то, что когда Феодор решил убежать с золотом из родной обители, то приготовил для побега телеги и скрыни.
В это время возвратился из путешествия преподобный Василий, и после откровенного разговора со своим духовным братом монахом Василием и несколькими старцами, Феодор решил остаться в монастыре и избавиться найденного золота: «Для обретенного же сокровища, ископав (в пещере) яму глубокую и, положив его туда, закопал, и с того времени и доныне никто не знает, где скрыто оно».
После этого, чтоб обезопасить сокровища, примерно в 1091 году разбойничьи пещеры были закрыты для монастырской братии, объявив, что они опасны для людей, оставив жить там только Федора, назвав его юродивым. Жил Федор у древнего входа, который был ближе к Днепру (74), там он устроил в пещере жернова и начал днем и ночью молоть муку для нужд обители. И чтоб Федор поменьше общался и был все время у входа в пещеры келарь присылал ему в пещеру по 5 возов жита, привезенных из сел.
Сводный план Дальних Пещер
Патерик отмечает, что так продолжалось много лет. «Преподобные Феодор