Через некоторое время снова пришлось митрополиту Алексию идти в Орду. После смерти Джанибека власть захватил его сын Бердибек, жестокий и кровожадный. Он убил двенадцать братьев, чтобы захватить власть, и готовился идти на Русь. И тогда, по просьбе великого князя Московского, отправился в Орду митрополит Алексий и кроткой и мудрой беседой укротил ханскую ярость.
Вскоре скончался великий князь Иван Иванович, и унаследовал власть его девятилетний сын Дмитрий Иванович. Все заботы о малолетнем князе взял на себя святитель Алексий. В то время великое княжение перешло к суздальскому князю Дмитрию Константиновичу, который сумел выпросить себе в Орде ярлык на великое княжение. Митрополит Алексий, несмотря на желание великого князя Дмитрия Константиновича, не стал жить во Владимире, а остался в Москве при молодом князе Дмитрии Ивановиче. В Орде в это время была великая междоусобица, ханы убивали друг друга, борясь за власть. В 1362 году ярлык на великое княжение получил снова московский князь Дмитрий Иванович, молитвами и трудами святителя Алексия. Мудрость его, дипломатический талант и неустанная молитва много способствовали процветанию Московского княжества. Он был истинной опорой молодому князю Дмитрию Ивановичу.
Труды и заботы о благе Отечества, помощь князю в управлении государством все это не заслонило от внимания святителя главного его дела – окормления Церкви Российской. Многое попечение имел он о жизни иноческой, о строительстве монастырей и храмов. Построил на берегу реки Яузы храм во имя Нерукотворного образа Христова, а при храме устроил монастырь с общежительным уставом и вручил игуменство в нем преподобному Андронику, ученику святого Сергия Радонежского. А другой монастырь – в честь чуда святителя святого архистратига Михаила в Хонех – построил он в Москве; в Чудовом монастыре завещал святитель Алексий положить свое тело. И другие церкви и монастыри построил святитель, и много дел славных совершил он во славу Божию, и был добрым пастырем духовных своих овец до самой кончины своей.
Святитель Алексий отошел ко Господу 12 февраля 1378 года. Время своей кончины он предвидел; совершив Божественную литургию и причастившись Святых Тайн, мирно простился с людьми и предал Господу свою душу. Тело его с великой честью было погребено в созданном им храме архистратига Михаила. Всех лет жизни его было 85, а на святительском престоле пребывал он 24 года.
Спустя много лет обретены были нетленными его святые мощи. Даже ризы на нем были совершенно целы. Мощи были перенесены в церковь, построенную в честь великого угодника Божия. От них источаются многие исцеления и подается помощь всем, с верою припадающим к ним, по великому милосердию Божию».