Вместе с тем было бы серьезной ошибкой предполагать, что влияние Фатимидов в Сирии было полностью утрачено из-за преследовавших их невзгод и все усиливающейся слабости. Из рассказов следует, что у них еще оставалось множество могущественных сторонников в главных городах и отдаленных районах, и даже сельджукские князья и их преемники считали полезным заручиться их благосклонностью. Определенный разрыв между Фатимидами и мусульманскими князьями Сирии произошел, похоже, лишь во времена Нур аль-Дина.
2. Сопротивление попыткам Фатимидов установить свое господство в Сирии в основном оказывалось шейхами полукочевых арабских племен, создававших собственные небольшие княжества либо захватывавших земли в различных частях страны. Трансиорданские и западные границы Сирийской пустыни удерживало племя тайи, являвшееся постоянной головной болью в принадлежащей им части Палестины и сыгравшее лишь незначительную роль в истории Крестовых походов. Более значимыми в политическом плане были племена Месопотамии, особенно конфедерации Укайил и Килаб. Последняя под предводительством рода Мирдаса после полувековой борьбы в Северной Сирии наконец захватила в 1060 году Алеппо, но уже в 1079 году уступила его своим соперникам Укайлидам, которые в то время поддерживали сельджуков. Но столь быстрое расширение доминиона Укайлидов от Алеппо до Мосула привело их к конфликту с сельджукским князем Сирии. В кратчайшие сроки они были изгнаны из Алеппо и их владений в Месопотамии и рассеяны, однако двум ветвям этого рода удалось задержаться в Калат-Габаре и Среднем Евфрате до времен Занги и Нур аль-Дина.
Но не только вождям больших племенных групп удавалось создавать свои княжества на сирийской территории. Ко времени Первого крестового похода несколько важных городов и крепостей находились в руках местных арабских правителей, которым удавалось сохранять свою независимость за счет гибкой дипломатии и раздоров между их более могущественными соседями. При падении правительства Фатимидов в 1070 году кади Тира, Ибн Аби Акил, объявил себя независимым и удерживал город до его захвата египтянами в 1089 году. Кади Триполи, Хасан ибн Аммар, восставший в том же году, был более удачлив, и Триполи оставался в руках последующих членов той же семьи до захвата города крестоносцами. В 1080 году одному из них даже удалось распространить свое правление на Джабалу, потеснив греков. Следует отметить, что ни в Тире, ни в Триполи духовный сюзеренитет халифа Фатимида не отрицался, хотя при этом правители обоих городов стремились заручиться помощью туркменских захватчиков в борьбе против него и его попыток захватить их города, а Ибн Аммар в Триполи заявлял, что имеет грамоту на владение городом от сельджукского султана в Багдаде.
Еще более примечательное арабское княжество было основано в Шейзаре