Мюффлинг провел реорганизацию Генерального штаба, который теперь состоял из трех «главных отделов». Первый отдел занимался вопросами личного состава (предшественник Главного управления), второй занимался вопросами, связанными с подготовкой, маневрами, дислокацией и мобилизационными планами, а третий – всеми техническими вопросами, включая артиллерию.
Изменения коснулись и военной формы, которая стала необыкновенно красивой. Синий мундир с пунцово-красным воротником и отделкой по обшлагам, расшитым серебром; белые брюки, серебряные эполеты и шляпа с белыми перьями. На полевой форме пунцово-красная отделка являлась отличительным знаком офицеров Генерального штаба. Согласно записям от 1821 года Генеральный штаб в составе восемнадцати офицеров (два генерал-майора, девять майоров, три капитана и четыре лейтенанта) базировался в Берлине. Пять офицеров были людьми незнатного происхождения. Во взаимодействии с Генеральным штабом работали тригонометрическое бюро (три офицера) и топографическое бюро (тридцать пять офицеров). Более половины штата топографического бюро составляли люди незнатного происхождения. Напрашивается вывод: для среднего класса технические службы являлись входной дверью в армию. Двадцать семь офицеров Генерального штаба служили в штабах армейских корпусов, двадцать в дивизионных штабах и шесть в качестве военных атташе за границей.
Мюффлинг возобновил принятые при Шарнхорсте поездки офицеров Генерального штаба с целью проведения рекогносцировки. Кроме того, он ввел собственные новшества. Например, военные игры (Kriegsspiel), в ходе которых оперативные ситуации разыгрывались на карте или в «песочнице».
Рассказывали, что как-то прусский военный атташе князь Карл фон Гогенлоэ описывал эти методы группе высокопоставленных австрийских офицеров. Они слушали его с неприкрытым удивлением. Наконец один из офицеров поинтересовался, как они ведут счет в ходе игры. Пруссак ответил, что никто не вел счета, ведь, в конце концов, они же не играли на деньги. «В чем же тогда смысл игры?» В 1866 году прусский Генеральный штаб равнодушно и беспощадно разделался с людьми подобного психического склада.
Мюффлинг, разрабатывая штабные поездки, находился под влиянием поражения 1806 года и считал, что расположенная среди равнин Пруссия может быть опять атакована коалицией, которая может прийти, как в Семилетней войне, с запада, юга и востока. Мюффлинга одолевали те же проблемы, связанные с географическим положением Пруссии, которые толкнули Фридриха Великого на превентивную войну с Саксонией. Придуманные Мюффлингом ситуации были связаны с вторжением врага с запада,