Однако в последующие два месяца ситуация изменилась. На границах Маньчжурии и Сибири, в дальнем конце железнодорожной магистрали, по которой двигались чехи, поднял знамя контрреволюции казачий атаман Семенов (о нем будет подробнее рассказано далее). Он был известен как сторонник Антанты, и советские правители вполне обоснованно начали сомневаться в разумности соглашений, ведущих к тому, что на театр военных действий с Семеновым вводилось компактное соединение экспедиционных войск – Чехословацкий легион, – по сути находившееся под командованием Антанты.
Эти опасения заставили Москву настаивать на частичном разоружении чехов, дабы они путешествовали не как войсковые части, а как группы свободных частных граждан, имеющих некоторое вооружение для защиты от нападений контрреволюционных сил. В теории каждому эшелону полагалось 168 винтовок с 300 патронами на винтовку и один пулемет с 1200 патронами, но на практике чехи, в хитрости и материальных возможностях всегда превосходившие русских, без труда спрятали в поездах гораздо больше вооружения. Хотя русские считали оружие своим, процесс сдачи некоторого его количества проходил с разногласиями и отсрочками в атмосфере взаимного недоверия. 14 апреля офицеры 1-й чешской дивизии (состоявшей в основном из западных частей) тайно решили больше вообще оружия не сдавать.
К тому моменту развитие событий на востоке еще более ослабило надежды чехов на эвакуацию. Во Владивостоке (где чуть позже продолжительное отсутствие транспортных судов для вывода легиона из России еще больше усилило подозрение Москвы насчет истинной роли чехов в планах империалистов) находилось несколько военных кораблей Антанты, главной обязанностью которых было следить за огромными военными складами в доках и по соседству с ними. Это имущество, общей стоимостью приблизительно один миллиард американских долларов, доставили в Россию союзники, от которых она отступилась. За него не только не было заплачено, но его могли перевезти на Запад, и оно могло попасть в руки немцев. В отличие от остальной Сибири Владивосток официально не находился под контролем Советов, однако большевики в городе становились все влиятельнее, вели себя все агрессивнее и дерзко пользовались своими преимуществами. Кроме всего прочего они начали систематически вывозить со складов военные припасы товарными поездами.
4 апреля во Владивостоке неизвестные стреляли в троих японских подданных – чиновников конторы, занимавшейся отправкой грузов. Один из них был убит. На следующий день, проконсультировавшись со своим генеральным консулом, японский адмирал