Одновременно был утвержден царем и «Наказ Морскому Генеральному штабу», регламентировавший структуру и функции учреждения, права и обязанности его начальника[145]. На вновь созданный штаб возлагались следующие задачи: сбор и анализ состояния зарубежных флотов и отечественных морских сил, разработка судостроительных программ, распределение кораблей по соединениям, разработка планов войны на море и мобилизации, руководство деятельностью оперативных отделений главных портов, обобщение боевого опыта, совершенствование тактических приемов. Офицеры МГШ могли также заниматься преподавательской деятельностью и пропагандой «идеи флота» в общественных организациях. Начальник МГШ становился по должности членом Совета государственной обороны, образованного 8 июня 1905 г. В этот высший орган государственного управления входили кроме начальника МГШ министры военный и морской, начальники Главного управления Генерального штаба и Главного Морского штаба, генерал-инспекторы родов войск сухопутной армии. Кроме того, в Совет могли приглашаться царем и другие военачальники или высшие чиновники. Начальник МГШ получал право личного доклада царю, ежегодно он был обязан представлять ему же всеподданнейший отчет о деятельности штаба.
Деятельность МГШ началась 2 мая 1906 г. Естественно, что некоторое время заняло решение организационных вопросов – предстояло создать пять отделений: оперативное, русской и иностранной статистики, мобилизационное и архивно-историческое, но на первых порах сформировали лишь первые три.
2 октября 1906 г. начальник МГШ Л. А. Брусилов сформулировал недостатки существующей организации морского ведомства