Янушкевича, бывшего начальником штаба Верховного командования при великом князе, сменил в августе 1915 года генерал Алексеев, которого рекомендовали на этот пост после того, как он блестяще руководил исключительно трудными оборонительными операциями и отступлением русской армии в 1915 году. Это был скромный, деликатный человек, весьма образованный генерал, которого высоко ценил император: каждый второй день недели и каждое воскресенье, а также в праздники генерал завтракал и обедал за столом царя, считаясь почетным гостем. Каждое утро император и генерал проводили несколько часов в обсуждении военной ситуации. В отношениях между ними установилась полная гармония. Нет никаких указаний на то, что император пытался навязывать своему начальнику штаба какие-нибудь стратегические или тактические идеи. Фактически Алексеев пользовался полной самостоятельностью, каждая его инициатива находила поддержку императора. Алексеев отличался неутомимостью и не любил перепоручать чересчур много дел своим подчиненным в Ставке. Свои стратегические идеи он вырабатывал под влиянием теорий весьма неординарного деятеля, генерала Борисова, который был товарищем Алексеева по 64-му пехотному Казанскому полку и по Академии Генерального штаба и, получив назначение состоять при начальнике штаба Верховного командования, негласно стал помощником и советником Алексеева.
Алексеев не был искусным царедворцем и не искал внешних знаков признания своей деятельности. Однако через полгода после назначения начальником Генштаба ему присвоили звание генерал-адъютанта. Это была высочайшая милость, которую император мог оказывать военачальникам. По ключевому вопросу о влиянии Распутина на государственные дела Алексеев занял пассивную позицию. Неизвестно, подвергал ли он Распутина остракизму в докладах императору, но, когда императрица во время одного из посещений Ставки отвела Алексеева в сторону и сообщила ему о возможном визите Распутина, тот решительно высказался против этого, вызвав крайнее неудовольствие ее величества.
Отношения Алексеева с царем оставались сердечными до тех пор, пока его контакты с Гучковым, председателем Центрального ВПК, не стали известными Николаю. Истоки и характер этих контактов наилучшим образом иллюстрирует телеграмма, отправленная Гучковым с больничного ложа начальнику Генштаба 14 февраля 1916 года: «Имеется настоятельная необходимость переговорить с Вами, сообщить Вам обо всех аспектах деятельности ВПК и получить Ваши рекомендации, которые крайне важны для комитета».
Поскольку Гучков не был в состоянии прибыть в Ставку, он просил Алексеева принять своего заместителя Коновалова.
По мере того как политические устремления лидеров самодеятельных организаций приобретали все более широкую известность,