Круг офицеров, участвовавших в подготовительных работах, был настолько узким для сохранения тайны, что командующий военной авиацией узнал о запланированной операции только после подписания директивы «Учение Везер». Геринг, который очень давно знал от Розенберга, что подготовка в этом направлении шла полным ходом, был глубоко уязвлен и пожаловался 2 марта Гитлеру на начальника Верховного командования вермахта, предположив, что тот исключил его по личным причинам. Прежде всего, Геринг высказался против любого подчинения соединений военной авиации группе XXI. 4 марта Йодль в разговоре с начальником Генерального штаба военной авиации генералом Ешоннеком добился согласия по организационной форме, что все участвующие в операции «Учение Везер» силы военной авиации подчиняются X авиационному корпусу и – соответственно требованиям группы XXI – должны получать приказы от главнокомандующего военной авиацией. Распоряжение от 14 марта принципиально урегулировало приказные отношения и разграничения трех родов войск.
Приказ об общей операции – в соответствии с характером совместной операции армии, военно-морского флота и военной авиации – впервые оставило за собой Верховное командование вермахта. С оперативной точки зрения главный штаб вермахта руководил всеми боевыми частями. По своему персональному составу он был, однако, больше координирующим, чем планирующим органом. Руководство приказами на воде имели командующий морским флотом группы «Восток» (адмирал Карльс, до 7 апреля как командующий морским флотом группы «Север» он оперативно подготовил операцию) для Балтийского моря вплоть до заграждения в Скагерраке и командующий морским флотом группы «Запад» (генерал-адмирал Заальвэхтер) для Северного моря, включая норвежские воды. Оба оперативно подчинялись военно-морскому руководству. Военная авиация командовала авиатранспортами вплоть до проведенной высадки. Все воздушные операции в районе Дания – Норвегия были проведены соединениями X авиационного корпуса в Гамбурге (генерал-лейтенант Гейсслер). Операции армии после высадки проводила группа XXI (генерал фон Фалькенхорст), под его руководством XXXI высшее командование (генерал авиации Каупиш) в Дании. Операция по захвату Дании и Норвегии должна была разделиться в самом начале вследствие пространственного разделения боевых групп на многочисленные одиночные действия. Это зависело в каждой из высадившихся групп от строгого руководства, которое должно было одновременно обозревать общее развитие событий и действовать соответствующим образом. Сосредоточение боевых групп и их отдельные операции были делом назначенных для этого оперативных штабов трех родов войск вермахта, согласование их интересов вменялось в обязанность Верховному командованию вермахта. Для такого тесного сотрудничества, какого требовала операция в Норвегии, отсутствовал какой-либо опыт.
Предпринятая перед