Шапошников родился в 1882 году в старой русской аристократической семье в Златоусте на Урале. Семья Шапошниковых дала царской армии много хороших офицеров.
Также и юному Борису Михайловичу было предназначено стать офицером. Он прошел все ступени лестницы, которых не миновал ни один юный дворянин: императорский кадетский корпус, московская военная школа, служба в петербургском гвардейском полку. Затем – откомандирование в военную академию. Там молодой старший лейтенант обратил на себя внимание своими выдающимися дарованиями. Его несомненный талант, отточенное красноречие и способность к глубокому анализу способствовали переводу в Генеральный штаб. В 1918 году тогда 36-летний Шапошников был самым молодым полковником царской армии.
В начале большевистской революции полковник Шапошников перешел на сторону красных. В 1929 году он уже был руководителем Генерального штаба красных. До этого времени он, будучи командующим войсками Московского военного округа, заставил говорить о себе как о замечательном политическом и военном деятеле.
Его главная задача заключалась в том, чтобы создать московскую военную академию и подготовить руководящий корпус Красной армии. Затем он стал командующим Ленинградским военным округом. Большие чистки и кризис, связанный с именем Тухачевского, жертвами которых пало множество советских офицеров, он пережил в тюрьме. Но вскоре снова оказался на свободе. В 1937 году он стал руководителем Генерального штаба. Кроме того, получил орден Ленина и звание маршала.
Когда правительства Германии и СССР в 1939 году заключили экономический договор и Пакт о ненападении, маршал Шапошников был освобожден от своих обязанностей по причинам, якобы связанным со здоровьем. В действительности это произошло потому, что он считал связь с Германией ложной и опасной и открыто об этом говорил.
Однако Шапошников не долго оставался в стороне. Когда начались напряжения в германо-советских «дружеских» отношениях, Сталин вернул маршала из опалы. В опасную эпоху, когда немецкие танки громили центральный участок советского фронта и рвались к Москве, он был в третий раз назначен руководителем советского Генерального штаба.
Тимошенко, Ворошилов и Шапошников понимали величину опасности, которая приближалась с запада и подступала к Москве. Они понимали, что Советский Союз может погибнуть, если в ближайшее время не произошли бы решающие перемены. Затем оказалось, что генерал Павлов – специалист по танкам и заместитель маршала Тимошенко – больше не может сдерживать немецкие танковые клинья. Он не справлялся. Уничтожающие удары немецких танков против подчиненной ему армии морально сломили его. Он ни на что не мог решиться.
Тимошенко посоветовался с Шапошниковым. Ворошилов переговорил с руководителем Генерального штаба. После этого маршал Шапошников отправился в Кремль и имел беседу со Сталиным. Что произошло во время этого обсуждения, так никогда и не стало