На допросах в Отдельной Секретной комиссии Емельян Пугачев дал подробные показания:
«Дворян и офицеров я убивал, большей частью, по представлению яицких казаков, а сам я столько жесток отнюдь не был. Не жалел тех, которые отягощали своих крестьян, или командиры подчиненных, а так же и тех без разбора казнил, если кто из крестьян доносили. Дальнего намерения, чтобы завладеть всем Российским царством, не имел, ибо не думали к правлению по неграмотности способен. А шел я на то, если удастся чем поживиться или убитым на войне быть.
За все время злодейства своего рассылал разные указы, но вообще для устроения, или обольщения народа.
Будучи заведен успехами и обстоятельствами, простирал далее свое злодейство. Угрызение сердечное его не покидало, и имел он намерение пасть с чистым расскаиванием перед милосердной Государыней и Самодержицей, звал для этого яицких казаков на Москву и говорил, если в Москве его не примет Государыня, так он сам в руки отдаться пожелает».
Екатерина II писала генералу П.Панину собственноручно:
«Капитан Галахов урода этого в Москву привез. Не могу удержать, чтобы сказать вам, что чувствительность моего сердца заставляет меня сделать, чтобы нигде суровая казнь места не имела, а прочие нигде, кроме крайности, не были употреблены. Это поручаю наипрележнейше недреманному вашему бдению».
Органом политического сыска при Екатерина II была Тайная экспедиция при Сенате, действовавшая с 1762 по 1801 год. Она находилась в Птербурге, в Москве также было ее отделение. Тайной экспедицией руководил генерал-прокурор Сената, его помощником и управляющим экспедицией являлся обер-секретарь. Многолетний руководитель Тайной экспедиции Степан Шешковский оберегал репутацию Екатерины II в общественном мнении. Императрица говорила, что Шешковский имеет особенный дар проводить следствие. Статский советник и обер-секретарь лично допрашивал Пугачева. Императрицу больше всего интересовало, сам ли казак задумал выступить в роли Петра III, или его на это подбили.
«Слово и дело» и пытки в Тайной экспедиции были отменены. Тайная экспедиция искала авторов слухов, карикатур, пасквилей на императрицу, называвшую их «враками». Шешковский, награжденный орденами тайный советник, называл себя верным псом государыни. Он знал все о любых собраниях в Москве и Петербурге, о народной молве, он казался или был вездесущим. Его боялись. Автор лично оскорбившей императрицу книги «Путешествие из Петербурга в Москву» упал в обморок, когда услышал, что его будет допрашивать Шешковский. О его методах расследования остались только легенды – правдивые, преувеличенные, воображаемые, ненавистные. Весь архив управляющего