В 2008 году Центр контрразведки армии США создал отчет, в котором WikiLeaks назывался потенциальной угрозой для военных. Бумага вскоре оказалась опубликована на WikiLeaks, причем Эссендж назвал доклад «объявлением войны» Интернет-ресурсу. В том же году домен WikiLeaks.org был на несколько дней заблокирован после жалобы в суд Калифорнии от швейцарского банка Julius Baer, поступившей в ответ на публикацию документов, предположительно свидетельствующих о том, что банк занимается отмыванием денег и помогает клиентам уходить от налогов при помощи офшоров. Калифорнийский суд требования Julius Baer отклонил, и сайт вернулся к работе.
В начале 2009 года WikiLeaks опубликовал секретные отчеты ООН о том, что миротворцы, действовавшие под эгидой организации, были причастны к изнасилованиям в Восточном Конго.
В 2009 году WikiLeaks опубликовал уже ранее появившуюся на российских серверах переписку сотрудников Центра по исследованию климата при Университете Восточной Англии, возглавляемого Филом Джонсом. Опубликованные письма могли уличить ученых в манипуляции исходными данными для убеждения мирового сообщества в антропогенном характере глобального потепления. Ближе к концу того же года на сайте были опубликованы текстовые сообщения, отправленные из Нью-Йорка в день терактов 11 сентября 2001 года в США.
В сентябре 2009 года разгорелся скандал из-за опубликованного на сайте WikiLeaks отчета компании Trafigura, доказывающего ее ответственность за утечку токсичных отходов в республике Кот-д’Ивуар. Компания даже попыталась пресечь публикацию этого отчета и информации о ходе парламентских слушаний по нему в прессе, в том числе в газете The Guardian.
Однако настоящим бенефисом организации стал 2010 год. Весной WikiLeaks обнародовал «Сопутствующее убийство» – секретную видеозапись армии США, на которой запечатлен бессмысленный расстрел восемнадцати человек в багдадском пригороде Нью-Багдад, среди которых оказались два штатных сотрудника агентства Reuters.