О том, чтобы учиться дальше на мастера, вопрос не стоял. Но куда пойти работать? Компании «Боинг», «Локхид» и «Дуглас» были желанными для многих выпускников, но не для Рутана. Его амбиция, выросшая на успешном создании ряда летающих моделей самолётов, и широкий взгляд на современные проблемы самолётостроения не позволяли довольствоваться конструированием отдельных деталей самолёта в большой компании. Берт Рутан уже видел себя в роли главного конструктора, отвечающего целиком за самолёт.
Машины компаний «Цессна» и «Бич Эйркрафт» были ему ближе, и он уже собрался послать туда копии своих документов. Но судьбе было угодно поменять эти планы. В университет приехали два представителя авиабазы Эдвардс вербовать выпускников, авиационных инженеров. Причём, это были их прошлогодние выпускники, которых Берт хорошо знал. Их увлекательный рассказ о перспективах гражданского инженера в главном Авиационно-испытательном центре ВВС США, возможность летать и исследовать свойства новейших самолётов в воздухе перевесили всё другое, и Берт принимает приглашение.
В июне он приступил к обязанностям бортового инженера-испытателя очень сложного опытного вертикально взлетающего транспортного самолёта компании «Линг-Темко-Воут» ХС-142А. Сложность и опасность испытаний ХС-142А определялись его необычной конструкцией. Для вертикального взлёта его крыло с четырьмя турбовинтовыми двигателями поворачивалось в вертикальное положение, и тяга двигателей должна превышать вес самолёта. Малейший сбой в системах машины был чреват лётным происшествием.
Семья обустроилась в небольшом арендованном доме в городке Ланкастер недалеко от авиабазы. Через два месяца, 30 августа 1965 года, Джуди родила их второго ребёнка, девочку Доун.
На весь следующий год Берта загнали в командировку в раскалённую калифорнийскую пустыню у самой границы с Мексикой. Там, на авиабазе Флота в Эль Центро проводилась очень важная для войны во Вьетнаме программа отработки сбрасывания тяжелых грузов на парашютах с предельно низких высот до пяти метров. В хвостовой части военно-транспортного самолёта С-130 сидел инженер-испытатель Берт Рутан и обеспечивал рискованный сброс контейнера весом до 25 тонн.
Потом были летные испытания усовершенствованного палубного штурмовика А-7 «Корсар». Но наиболее значимой и опасной стала работа Берта Рутана в качестве второго члена экипажа и бортинженера по программе исследования причин штопора серийного тяжелого двухместного истребителя F-4 «Фантом» с 1 октября 1969 года по 7 августа 1970-го. Эти сверхзвуковые машины воевали во Вьетнаме.