Клаузевиц получил чин полковника русской службы, а кроме того, Александр I наградил его почетной саблей и орденом. Вернувшись, наконец, в апреле 1814 г. на прусскую службу, он получил патент на чин полковника пехоты. Временно он остался при своем легионе, который был переведен на нижний Рейн. Летом этого года побед он лечился в Аахене от подагры, осенью и зимой временно командовал легионом, а в феврале 1815 г. снова лечился в Аахене.
Наступила эпоха 100 дней Наполеона. Во время короткого похода 1815 г. Клаузевиц был начальником штаба 3-го прусского армейского корпуса под командованием генерала Тильмана. Он участвовал в сражении при Линьи и во втором походе на Париж. Он не признавал некоторых ошибок, допущенных высшим прусским командованием в последней борьбе с Наполеоном, разделяя господствовавшее мнение, что самостоятельность низшего командования не должна распространяться на основные линии общего ведения дела. От всей души он радовался славной победе при Белль-Алльянсе 18 июня 1815 г., опасаясь, конечно, что при недоброжелательстве союзников к Пруссии ей достанутся слишком скудные плоды победы.
Тотчас же после заключения второго Парижского мира он стал начальником штаба при генерале от инфантерии Гнейзенау, получившем общее командование на Рейне. С большим удовлетворением он проводит теперь большую работу по организации военного дела во вновь отвоеванных провинциях.
В Нассау он находился в обществе Макса фон Шенкендорфа и барона фон Штейна. Правда, Гнейзенау уже в 1816 г. подал в отставку, глубоко недовольный интригами, которые при реформе армии мешали развитию сил и талантов. Напрасно Клаузевиц старался побудить своего начальника к терпению. Преемником Гнейзенау был генерал фон Гаке, с ним у начальника штаба не установилось доверительных отношений.
Осенью 1818 г. Клаузевиц получил чин генерал-майора и по предложению Гнейзенау был назначен директором Всеобщей военной школы в Берлине. Но эта должность, которую он занимал в течение 12 лет, не удовлетворяла его. Оставалась работа в комиссии под председательством полковника фон Лилиенштерна, где он со своими разнообразными планами реформ не мог добиться самостоятельной