Буквенный шифр
Согласно этой теории, манускрипт Войнича содержит осмысленный текст на каком-то европейском языке, который был намеренно переведён в нечитаемый вид отображением его в алфавите манускрипта с помощью какого-то кодирования – алгоритма, который оперировал отдельными буквами. Это было рабочей гипотезой для большинства попыток расшифровки на протяжении ХХ века, в том числе для неофициальной группы криптоаналитиков Управления национальной безопасности США (National Security Agency, NSA) под руководством Уильяма Фридмана в начале 1950-х гг. Простейшие шифры, основанные на замене символов, могут быть исключены, так как их очень просто взломать. Поэтому усилия дешифровальщиков были направлены на полиаалфавитные шифры, изобретённые Альберти в 1460-х гг. Этот класс включает в себя известный шифр Виженера (Vigenere cipher), который мог быть усилен использованием несуществующих и/или аналогичных символов, перестановкой букв, ложными пробелами между словами и т. д. Некоторые исследователи предполагают, что гласные буквы были удалены перед кодированием. Было несколько заявлений о дешифровке на основании этих предположений, но они не получили широкого признания. В первую очередь потому, что предложенные алгоритмы расшифровки были основаны на стольких догадках, что с их помощью можно было бы извлечь осмысленную информацию из любой случайной последовательности символов. Основной аргумент в пользу этой теории заключается в том, что использование странных символов европейским автором едва ли можно объяснить иначе, чем попыткой скрыть информацию. Действительно, Роджер Бэкон разбирался в шифрах, а предположительный период создания манускрипта приблизительно совпадает с рождением криптографии как систематизированной науки. Против этой теории выступает наблюдение о том, что использование полиалфавитного шифра должно было уничтожить «естественные» статистические свойства, которые наблюдаются в тексте манускрипта Войнича, такие как закон Цапфа. Также, хотя полиалфавитный шифр и был изобретён примерно в 1467 году, его разновидности стали популярны только в XVI веке, что несколько позднее предполагаемого времени написания манускрипта.
Шифр по кодовой книге
Согласно этой теории, слова в тексте манускрипта в действительности являются кодами, которые расшифровываются в особом словаре или кодовой книге. Основной довод в пользу теории это то, что внутренняя структура и распределение длин слов сходны с используемыми в римских цифрах, которые были бы естественным выбором для этой цели в то время. Однако, кодирование, основанное на кодовых книгах, удовлетворительно только при написании коротких сообщений, так как оно очень обременительно для письма и